首先，要解鎖間諜行動，玩家要在城市里建造一個國家奇跡——情報機關(Spy Agency)。情報機關需要研究計算機技術(Computing)這項科技才能建造，完成后會給予玩家3名間諜。計算機技術是初期科技，很快就能解鎖。玩家也可以通過德行(Virtues)、科技、建筑和任務獲得間諜，但數(shù)量不如建造情報機關給的多。

　　在當間諜們呆在己方情報機關的時候，他們可以被指派不同的工作，而不僅僅是Civ5里的反諜報活動：

　　國土安全(Homeland Security): 每個間諜給所在城市加1%的力量和1%的血量

　　研發(fā)(Research and Development): 建造奇跡時，每個間諜給予1%的錘子加成

　　宣傳(Propaganda): 每個間諜+2%健康

　　支援行動(Operation Support): 降低其它間諜在敵方領土工作的危險

　　偵察行動(Operation Reconnaissance): 提高間諜行為的成功率

　　在這些工作之間轉換需要花費3回合，而間諜轉移到另一個城市需要花費4回合。

　　當你的間諜在敵方城市活動的時候，敵方城市會被賦予陰謀等級(Intrigue Level)，最高為五級。低級的陰謀僅限于搜集情報，而隨著間諜活動的進行，陰謀等級會逐漸提高，玩家可以策劃更多行動，給敵人帶來巨大破壞。在四級陰謀等級下，間諜可以進行以下活動：

　　建立情報網(wǎng)絡(Establish Network): 略微提高陰謀等級，獲取敵方城市情報

　　吸取能量(Siphon Energy): 0級陰謀，偷錢

　　偷取科技點數(shù)(Steal Science) 1級陰謀 注：敵人并不會損失點數(shù)

　　偷取科技(Steal Technology) 2級

　　征召叛徒(Recruit Defector): 3級陰謀，己方首都出現(xiàn)一個隨機軍事單位。這個單位是敵人可建造單位，因此你會獲得一些你自己造不了的兵種

　　入侵衛(wèi)星(Hack Satellite): 4級陰謀，使城市周圍5格內(nèi)的衛(wèi)星墜毀

　　政變(Coup D'etat): 4級陰謀，將敵人城市變?yōu)槟愕?

　　臟彈(Dirty Bomb): 5級，在敵人城市里引爆核裝置，消滅一半人口

　　呼叫蟲群打擊(Call Worm Strike): 5級

　　游戲里還有多種手段可以防御敵人的間諜活動。國家奇跡Human Hive可以將本城的陰謀等級降低4級?？招木仃囆l(wèi)星(Hollow Matrix Satellite)可以使陰謀積累速度降低一半。全知衛(wèi)星(All-seer Satellite)可以停留在城市上空，將該城所有間諜踢出城市，把陰謀等級降為0。此外，還有國家安全機關(National Security Agency)可以增加間諜行為成功率，無論是進攻性的還是防御性的。