當世界還被分為東西兩方陣營的時代，被賦予了The Boss之頭銜、身為特種部隊之母與二戰(zhàn)英雄的她，叛逃向了蘇聯(lián)。在美國政府的命令下，身為她最后一名學徒的Naked Snake親手奪走了她的生命。

　　然而對于The Boss而言，她的叛變僅僅是為了掩蓋事實的真相：她犧牲了自己的生命，以阻止一場全面核戰(zhàn)爭。這，就是她最后的任務。

　　The Boss利用了Snake——以及她自己寶貴的生命——確保了名為“哲學家的遺產(chǎn)”的大筆軍事資金從蘇聯(lián)軍方的手中易主至美國。而作為活下來的那一位特工，擁有如此突出的“功績”，Snake被賦予了“Big Boss”的頭銜……

　　在這樣一個風雨交加的夜晚里，軍人的工作還是不能停止。在這個名為Camp Omega的美軍基地，這鐵一樣的守則還是無法改變。同樣常發(fā)生在職業(yè)軍人身上的還有很多很多的悲慘經(jīng)歷：在這樣的惡劣天候下站崗巡邏都算不上什么，冒著生命危險沖鋒陷陣也是他們養(yǎng)家糊口、為國而戰(zhàn)的天職。不過他們的上司在謀劃著什么、他們接受這些命令又是為了什么——并不是所有的士兵都有資格知道這樣的情報。他們只是一味地執(zhí)行著自己的任務，沒有選擇。

　　鐵護欄后狂吠著的軍犬正在以屬于它們的方式歡迎著新到訪的客人，不過畢竟是訓練有素，在士兵的示意之下它們立刻就退散了下去。這位身著風衣、頭戴西帽的人物身旁有著多名護衛(wèi)的陪伴，如果軍犬們真的可以邏輯地思考，它們一定會把他判定為自己主人的主人吧。

　　在大雨中沒有使用任何的雨具，就這么在士兵的帶領(lǐng)下前往目的地的他在沐浴著大自然的甘露的同時，還享受著一路的軍禮。而他所來到的目的地，正是一個像動物園一樣的監(jiān)獄場。

　　這個基地的監(jiān)獄設(shè)施非常簡陋，僅僅是一排排的鐵籠子擺放在露天的場地里。鐵籠子上方蓋上了防水布，也算是能為住在里面的住戶遮陽擋雨。不過住在這里的說到底還都是囚犯，一路走來看到身著黃色囚服、頭戴黑色布套、雙手被拷在身后的囚犯跪在地上接受問詢，也有在囚籠里一動不動、奄奄一息的不幸家伙。不過這都不是這位大人物所感興趣的。

　　耀眼的探照燈劃過天際，他來到了一個牢籠前。里面坐在地上的囚犯是一名年紀并不大的青年，他耳朵里塞著耳機，耳機線的另一頭卻插在了自己胸前的傷口處。他顯得十分沮喪，頭耷拉下來，一言不發(fā)。一名帶路的士兵將手中的微型沖鋒槍準備好以防萬一，示意他的上司一切就緒。

　　“她什么都招了?！蹦腥藢χ舴刚f到，“你放心吧，我是言而有信的人。她沒有受太多的苦。”

　　他上前一步，手里拿出了一臺錄音機?！澳弥桑@是你的報酬。”他輕蔑地把它扔進了籠子。而青年也瞬間精神了起來、如視珍寶一般地撿起了它。男人繼續(xù)說：“當一次叛徒的感覺怎么樣呀?接下來你就不用再玩什么戰(zhàn)爭游戲了，你已經(jīng)成長為一名真正的男人了，戰(zhàn)士……”

　　將自己的耳機鏈接在了錄音機上，青年抬起了自己的頭。Ricardo Valenciano Libre，別稱Chico，他是一名自愿參與Snake私人軍隊的年輕志愿者。然而現(xiàn)在，他已經(jīng)落入敵人之手。

　　“回家了之后，替我向你的老大問個好呀?！蹦腥肆粝铝俗詈蟮囊痪湓捳Z，轉(zhuǎn)身隨著他的護衛(wèi)們離開在了風雨之中。而被一個人留在牢籠中的Chico，按下了錄音機的播放按鈕——也許是希望借助音樂的力量治愈自己受傷的心靈吧。

　　男人轉(zhuǎn)身離開，頭上轟鳴而過的直升機并沒有引起他的注意。兩只軍犬仍然對這名上司抱有警戒，這也辛苦了訓犬師。他與一群比起守衛(wèi)更加全副武裝的的士兵們乘上了吉普車，直奔停機坪而去。

　　走到直升機前，男人從士兵手中接過一臺手提機器，消除掉了在直升機身圖印著的“XOF”字樣紋章。他回身向背后的士兵們發(fā)令：“特洛伊木馬已經(jīng)進來了，現(xiàn)在就開始執(zhí)行海盜鎮(zhèn)壓任務，行動!”

　　摘下了西帽的他展現(xiàn)出了他的面龐：這是與生俱來的相貌呢，還是重度灼傷的結(jié)果呢，丑陋的相貌似乎并未阻止他成為這個名為XOF的神秘特戰(zhàn)小隊的頭目。如同皮包骨頭一樣的臉，讓他得名了“Skull Face|頭骨臉”的稱號。

　　身后的士兵登上直升機后，他也重新戴上了帽子，坐上了飛機。

　　在通訊員的交流與引航員的手語下，多架滿載士兵的直升機同時升空，一齊飛向大海的方向。Skull Face穩(wěn)居中間的座位，下達了某項指令。士兵們開始將自己軍服上的XOF臂章扯下，收集到了一起——隨后扔下了直升機下方的茫茫大?！?