主線流程篇

　　故事從張翠山夫婦回到中原，張無(wú)忌被玄冥二老虜走開始。張無(wú)忌被關(guān)在武當(dāng)山下的屋內(nèi)，調(diào)查屋子的門離開小屋，然后從地圖右上的出口上武當(dāng)山（山道上的戰(zhàn)斗輸贏都可以繼續(xù)發(fā)展劇情）。武當(dāng)山上上演張翠山夫婦自刎劇情，張無(wú)忌在大殿內(nèi)因寒毒發(fā)作暈厥。

　　兩年后，無(wú)忌醒來(lái)先去紫霄殿內(nèi)殿找張三豐，對(duì)話后去找宋遠(yuǎn)橋、俞蓮舟、張松溪讓他們傳授武功，分別會(huì)獲得梯云縱秘籍、六和勁秘籍、武當(dāng)長(zhǎng)拳秘籍和小擒拿手秘籍（有了秘籍才可以進(jìn)行沖脈修煉）。隨后再去找張三豐，他會(huì)帶無(wú)忌上少林求取九陽(yáng)神功秘。前往少林的路上發(fā)生的戰(zhàn)斗讓張三豐打頭可以輕松解決所有敵人，但是在少林寺三大神僧?dāng)嗳痪芙^了張三豐的請(qǐng)求。無(wú)奈之下張三豐只得帶無(wú)忌返回武當(dāng)，途中經(jīng)過漢水時(shí)救下常遇春，常遇春為報(bào)答救命之命決定帶無(wú)忌去蝴蝶谷找胡青牛醫(yī)治，而同時(shí)救下的周芷若則由張三豐帶回武當(dāng)。

　　在蝴蝶谷，胡青牛拒絕為無(wú)忌醫(yī)治，常遇春被打傷。無(wú)忌與小童對(duì)話知道在毒花林和百草林能找到何首烏、紫河車、大黃制成紫雪寶丹才能救常遇春。兩個(gè)林子里的怪物只要學(xué)會(huì)了武當(dāng)九陽(yáng)功和小擒拿手就不難對(duì)手。成功地拿到需要的物品再回去醫(yī)治常遇春。

　　又過了兩年，無(wú)忌遇到了紀(jì)曉芙等人上門求醫(yī)。無(wú)忌先為她稍加診治，隨后再去請(qǐng)示胡青牛，胡青牛不治非明教底子，但是無(wú)忌會(huì)以巧妙的方法套出藥方，隨后在百草里和毒花林里找到藥材桃仙、大黃、五味子、五靈脂、熊膽、玉蜜蜂漿便可讓小童配藥。但是當(dāng)晚發(fā)現(xiàn)有人在藥里下毒，次日與紀(jì)曉芙商議后得知是金花婆婆害了這些門派的人，胡青牛得知此事趕去救王難姑，按照胡青牛的藥方救下王難姑就會(huì)發(fā)生胡青牛講述與王難姑前塵往事的劇情，之后金花婆婆來(lái)到，在無(wú)忌的幫助下，金花婆婆颯羽而歸，無(wú)忌因此獲得了醫(yī)經(jīng)與毒經(jīng)。

滅絕師太來(lái)到蝴蝶谷要紀(jì)曉芙去殺楊逍，紀(jì)曉芙寧死不從而遭滅絕殺害。她臨終前讓無(wú)忌帶著楊不悔去昆侖山坐忘峰找楊逍。

　　去昆侖山途中遇到中毒的詹春與蘇習(xí)之，找到南星就可以給他們解毒。地圖下方有一個(gè)郎中，從他那里買得南星，給兩人解毒后會(huì)結(jié)伴同上昆侖山。見到何太沖后知道它的愛妾五姑重病求醫(yī)。無(wú)忌診斷其病需要靈脂蘭。在房屋邊上打一條蛇就可得靈脂蘭，隨后何太沖設(shè)宴款待，但是宴席上的酒卻有毒。無(wú)忌保護(hù)楊不悔巧妙地逃出了昆侖派，在山腳下何太沖夫婦前來(lái)追殺，楊逍及時(shí)出手相救，這樣楊家父女得以團(tuán)聚。在告知楊逍紀(jì)曉芙之死真相后，無(wú)忌離開昆侖山。

無(wú)忌在返回途中迷路，在出口打倒一條狗救下小猴子，但無(wú)忌受傷昏倒。醒來(lái)后發(fā)現(xiàn)身在朱武連環(huán)莊，去大殿見到衛(wèi)壁和武嬰前來(lái)拜年，隨后無(wú)忌偷聽眾人談話，但卻因?yàn)樾Τ雎暥黄葎?dòng)手，獲勝后朱長(zhǎng)齡前來(lái)維護(hù)無(wú)忌，隨后囑咐朱九真照顧無(wú)忌。

　　次日假冒金毛獅王的人來(lái)朱武莊生事，無(wú)忌將其識(shí)破并說(shuō)出自己的真實(shí)身份。就在眾人要與無(wú)忌一起準(zhǔn)備前往冰火島的時(shí)候，某日晚無(wú)忌跟蹤朱九真發(fā)現(xiàn)了他們欲借無(wú)忌之手奪取屠龍刀的陰謀，無(wú)忌被迫在大殿與朱長(zhǎng)齡決戰(zhàn)，在逃離朱武莊時(shí)與朱長(zhǎng)齡一起跌落懸崖。

　　醒來(lái)后無(wú)忌身在驚神峰山谷，打倒白熊后發(fā)現(xiàn)一只死亡的白猿。再其肚子里發(fā)現(xiàn)了《九陽(yáng)真經(jīng)》。隨后就開始修煉此功，功成之日再去找朱長(zhǎng)齡，但是無(wú)忌卻被朱長(zhǎng)齡設(shè)計(jì)摔斷了雙腿。在一村莊內(nèi)無(wú)忌遇到了蛛兒。此時(shí)無(wú)忌化名曾阿牛。不久一群人來(lái)找蛛兒尋仇，無(wú)忌暗中出手擊退眾人。就在蛛兒要帶無(wú)忌離開山谷的時(shí)候卻遇到了滅絕師太，滅絕將二人帶到了大漠，在滅絕與明教的交手中，無(wú)忌挺身而出接下滅絕三掌。但是蛛兒卻在關(guān)鍵時(shí)刻被韋一笑擄走，無(wú)忌趕緊追了上去，但是韋一笑沒追到卻在大漠邊緣見到了布袋和尚說(shuō)不得。之后無(wú)忌被他裝入乾坤袋帶去了光明頂議事廳，明教精英盡在于此。但是所有人均被成昆偷襲，無(wú)忌及時(shí)出手擊退成昆，并追著他進(jìn)入了明教密道。在密道內(nèi)無(wú)忌見到了楊不悔和小昭，楊不悔趕去了議事大廳，而無(wú)忌與小昭繼續(xù)追成昆，可是兩人中了陷阱。在尋找道路的時(shí)候無(wú)忌在練功室獲得了乾坤大挪移心法（注意，按劇情需要修煉此功才能離開密道，但是游戲里不需要修煉即可離開）。之后需要在不同的房間內(nèi)切換才能走出去，光明頂密道32個(gè)房間對(duì)應(yīng)如下：

少陰主間 少陽(yáng)主間 太陰主間 太陽(yáng)主間

訟之間：5號(hào)門 無(wú)妄之間：2號(hào)門 旅之間：4號(hào)門 中孚之間：6號(hào)門

姤之間：4號(hào)門 同人之間：1號(hào)門 否之間：7號(hào)門 大有之間：9號(hào)門

困之間：4號(hào)門 屯之間：7號(hào)門 蹇之間：1號(hào)門 小畜之間：4號(hào)門

鼎之間：1號(hào)門 噬嗑之間：0號(hào)門 謙之間：8號(hào)門 泰之間：1號(hào)門

解之間：2號(hào)門 復(fù)之間：5號(hào)門 豫之間：5號(hào)門 覆之間：0號(hào)門

師之間：7號(hào)門 既濟(jì)之間：6號(hào)門 遯之間：6號(hào)門 夬之間：8號(hào)門

井之間：8號(hào)門 離之間：9號(hào)門 艮之間：9號(hào)門 干之間：9號(hào)門

坎之間：9號(hào)門 明夷之間：4號(hào)門 坤之間：0號(hào)門 歸妹之間：7號(hào)門

在以房間內(nèi)獲得火系裝備是對(duì)付密道的火骷髏的有效道具。在訟之間滅掉癲狂骷髏，小昭就會(huì)告訴無(wú)忌離開的方法，按照小昭的提示最后會(huì)進(jìn)入大石室，無(wú)忌推開石門即可離開。趕到圣火壇發(fā)現(xiàn)六大派已經(jīng)開始與明教開戰(zhàn)，無(wú)忌出手與六大派高手一一對(duì)戰(zhàn)，勝利后在光明頂議事大廳無(wú)忌被推舉為新的教主。這時(shí)忽然得報(bào)有大量敵人來(lái)犯，因?yàn)槊鹘檀藭r(shí)元?dú)獯髠?，無(wú)忌令所有人全部退入密道內(nèi)。解決光明頂之危，無(wú)忌與楊逍父女，以及無(wú)散人一同前去冰火島迎接謝遜。 

　　在山下眾人遇到了受傷的殷梨亭，看似少林武功所傷。查尋真相時(shí)眾人被請(qǐng)入綠柳山莊，在眾人覺得不對(duì)勁而離開山莊途中全部中毒，無(wú)忌回山莊找趙敏索取解藥時(shí)困在了地下迷宮內(nèi)，在迷宮內(nèi)找到趙敏后費(fèi)了九牛二虎之力才讓趙敏交出解藥并離開地下迷宮。無(wú)忌帶著解藥救下教眾，返回山莊時(shí)卻發(fā)現(xiàn)山莊已經(jīng)被燒毀。隨后眾人來(lái)到少林，在寺內(nèi)卻發(fā)現(xiàn)18座羅漢像后被刻了明教欲稱王武林的字樣，無(wú)忌知道武當(dāng)定會(huì)遭人襲擊，趕緊率眾人一起趕去武當(dāng)山。

　　在武當(dāng)山下韋一笑獨(dú)自抵擋攔路之人，而無(wú)忌先行進(jìn)入了武當(dāng)山化裝成了一小道童。張三豐受到空相透析而受傷，礙于形勢(shì)張三豐將太極拳傳授俞岱巖。隨后在大廳見到了趙敏一行人。無(wú)忌以武當(dāng)?shù)茏由矸莩鍪謸敉巳蟾呤?，之后為得到黑玉斷續(xù)膏前往少林。

　　少林寺山下，跟蹤蒙古兵，擊敗他們的百夫長(zhǎng)就可以得到黑玉斷續(xù)膏，但是回到武當(dāng)才知道這黑玉斷續(xù)膏是假的，殷梨亭與俞岱巖雙雙出現(xiàn)中毒現(xiàn)象。趙敏此時(shí)出現(xiàn)，以要求張無(wú)忌答應(yīng)自己三件事為條件來(lái)?yè)Q取無(wú)忌兩位師叔的性命。 

　　在得知朱元璋與徐達(dá)等人被囚于大都城萬(wàn)安寺時(shí)，無(wú)忌與楊逍、韋一笑趕緊來(lái)到大都，在客棧休息，當(dāng)夜發(fā)現(xiàn)有人窺探，原來(lái)此人是范遙，他告訴了眾人武林各派人士均身中十香軟筋散之毒，而解藥則在玄冥二老身上。

　　返回客棧時(shí)遇到了趙敏，在一起就餐的時(shí)候無(wú)忌答應(yīng)帶趙敏前去冰火島一看屠龍刀。這時(shí)萬(wàn)安寺方向傳來(lái)信號(hào)。無(wú)忌趕了過去，進(jìn)入塔內(nèi)按照6、8、10、12、14、16樓的順序救下被關(guān)的武林人士。在16樓發(fā)現(xiàn)滅絕的時(shí)候，這個(gè)老尼姑怎么也不肯要張無(wú)忌的解藥，無(wú)忌施計(jì)讓滅絕服下解藥，隨后擊敗玄冥二老后無(wú)忌帶眾人上到塔頂。滅絕因?yàn)椴豢辖邮軣o(wú)忌恩惠而被玄冥二老所殺。塔的火勢(shì)興起，無(wú)忌擊敗玄冥二老后，明教因?yàn)榫认卤婇T派而得以與武林正道化敵為友。 

　　無(wú)忌來(lái)到客棧找趙敏。會(huì)面后聽到峨嵋派的哨音，趕去發(fā)現(xiàn)原來(lái)是丁敏君要與周芷若爭(zhēng)奪掌門之位而起爭(zhēng)執(zhí)。金花婆婆出現(xiàn)后周芷若為救峨嵋服下毒藥，趙敏覺得事有蹊蹺而跟隨在一行人之后。

　　跟著金花婆婆一直走到港口，金花婆婆的目的地是冰火島，但是中途卻轉(zhuǎn)向了靈蛇島。果然，謝遜已經(jīng)被金花婆婆帶到了靈蛇島上。謝遜在解決了丐幫陳友諒的偷襲后，金花婆婆想借其寶刀對(duì)抗倚天劍。無(wú)忌在殷離要被金花婆婆偷襲時(shí)出手相救，就在無(wú)忌與金花動(dòng)手之時(shí)，波斯三使來(lái)到，命謝遜殺了金花，一番功夫拜托了波斯三使的追擊，回到船上檢查殷離與趙敏的傷勢(shì)，就在無(wú)忌與謝遜相認(rèn)之時(shí)，波斯人再次追到，所幸有濃霧出現(xiàn)讓讓眾人逃離了追殺。這時(shí)候謝遜道出了金花婆婆是紫釤龍王黛倚絲之事。 

　　不久波斯人追了上來(lái)，戰(zhàn)斗之后無(wú)忌抓了對(duì)方的常勝王，要求波斯人以黛倚絲作為交換條件。之后小昭決定回波斯明教接任明教教主一職。