100年前，嵩山派掌門左冷禪借“五岳同門，剿滅魔教”的借口企圖合并五岳劍派，怎料想賠了夫人又折兵，五岳派總掌門的位置被華山派岳不群奪了去。左冷禪心懷恨意，趁岳不群廣邀五岳弟子查看思過崖秘洞上各派失傳的武功收買人心之際，率一眾人突然發(fā)起攻擊，將洞內各派高手盡數(shù)斬殺，使得各派元氣大傷。之后左冷禪被令狐沖殺死、岳不群被吸星大法制住之時被儀琳失手所殺，結果左、岳兩人皆斃命于思過崖上。

　　五岳劍派重歸舊日，各自打理。而由于五岳派合并之事興起的一場浩劫，各派式微。好在有著一樁江湖幸事，那便是日月神教在任盈盈和向問天的掌管下棄惡從善，與武林各派修好，并且行江湖俠義，華山派由令狐沖請回劍宗前輩封不平接掌，新華山摒棄劍氣二宗之爭，并且允許弟子各修所好。

　　百年之后……

　　華山派已經是江湖上第一的劍派。其他四派雖元氣有所恢復，但都不及鼎盛之時。嵩山派狼子野心始終未棄，妄圖東山再起。日月神教表面平和，實則暗流洶涌。道教另一分支于數(shù)十年前創(chuàng)立的新門派水月宮日漸壯大，令武林不得不注目其身。另一樁引人注目的事情就是東瀛劍士來到中原，以互通武學之名建立御神流道館，當年倭寇為患，雖被戚繼光將軍掃平，但倭寇仍舊死心不改。這一東瀛流派的到來不知是禍是福?少林本欲清凈，怎奈江湖之事滋擾不休。昆侖、峨眉、崆峒三大宗派四處拉攏，八面生事，妄圖問鼎中原，取代少林、武當。朝廷日益腐敗，東廠作威作福，廠衛(wèi)為患，鷹犬勾結，上到權貴，下至百姓，個個人人自危。關外建州女真統(tǒng)一，努爾哈赤對朝堂龍座也是窺覷已久，并企圖拉攏中原武林這一不可忽視的勢力，亂世即將到來……