不過費雪得到了消息，據說他女兒的車禍并非單純的意外，為了追查真相，他循線來到了馬爾他共和國內的城市瓦萊塔，企圖找出真相。 Victor的這些話語可以視為是簡單的「前情提要」，在同時鏡頭也轉到了馬爾他，本作的故事即將正式開始。

　　有位服務生走到了鏡頭前，送上了一組電話，而服務生所面對的對象，正是我們的男主角山姆費雪。

　　電話那頭的是Anna Grimsdottir，通稱「Grim」，在前幾代的游戲都有登場，是第三梯隊的重要人物，不過從這一段對話內容及口氣可以看出這時的費雪完全不信任她。

　　不過Grim告訴費雪，有一隊人馬正前往費雪所在的市場，而他們的目標正是費雪，要費雪快點脫逃，看來費雪這次又遇上麻煩事了!

　　在追查女兒事故真相的同時，一個個的陰謀也慢慢的浮上臺面，一連串的事件將牽涉到犯罪組織、恐怖行動、政府高層，以及費雪曾經為其奉獻生命，如今卻成最大敵人的第三梯隊!不可否認的沒有接觸過前幾作的玩家在進行本作時對于劇情上的融入感可能會較低，甚至游戲前期劇情以跳敘的方式進行，玩家得自己花點時間來整理一下脈絡。但能夠理解劇情的話，就會覺得整個故事如同電影般緊湊精彩，在系列作中將再次奠定一個關鍵的地位。

　　Visual Message

　　把文字融入在游戲本身的場景畫面中以增加彼此之間的協(xié)調感，這是近年游戲相當常見的手法，像是《俠盜獵車手IV》、《暴雨殺機》等游戲的開頭列出制作群名單時都有這樣的設計，《細胞分裂：斷罪》也使用了這種手法，不過可不是只有用來作為制作群介紹而已，而是將其與游戲做更進一步的結合。在游戲每個段落的開頭，當前的任務目的或游戲提示都會出現在景物上，在游戲進行的過程中，隨時也都可以按下BACK鍵讓提示文字再次顯示。