第五幕：開羅，埃及(2)

Illuminati的部隊(duì)在開羅結(jié)集，清真寺附近布署了他們大量的兵力，接下來有兩種選擇：Illuminati方向希望你殺掉Paul Denton，復(fù)興ApostleCorp的勢力；教會(huì)武士方法則希望你去援助他。Paul Denton目前在110層的24號(hào)機(jī)庫。

由停機(jī)坪回到南麥地那的街道，與QueeQueg咖啡館的老板對(duì)話拿到一個(gè)Pequod咖啡館保險(xiǎn)箱的密碼，然后與旁邊的Sid Black對(duì)話，雇他擔(dān)任飛往紐約的駕駛員。與門前的Illuminati戰(zhàn)士對(duì)話得到刺殺Paul Denton的任務(wù)。

往前來到北麥地那收到JC Denton的訊息，上樓梯又收到Nicolette的通訊，然后上樓發(fā)現(xiàn)Leo不在這里了，與旁邊的奧馬爾商人對(duì)話購買一些裝備。然后返回到清真寺遇到好朋友Leo，資助他500塊錢做為路費(fèi)離開這里。沿街道往前走與Lin談話，提起Illuminati部隊(duì)的事。前往居住區(qū)找Nassif對(duì)話，他懷疑有人懸賞取他家人的性命，你受托前往上層的教會(huì)武士居住地調(diào)查真相。前往上層由排風(fēng)通道潛入寢室看到Silas Archer正和教會(huì)武士接觸，將他們殺死后再回去找Nassif拿到200賞金。

進(jìn)入清真寺收到Nicolette的通訊介紹了寺廟里的情形，很多平民被困在里面，如果將看守的機(jī)器人消滅他們就可以逃離這里。先清理走廊的敵兵，其中一人身上帶有火箭筒收起它，到地下室逐個(gè)房間清理收集武器彈藥，然后到寺廟大廳對(duì)付那個(gè)機(jī)器人，用火箭筒兩下就可轟倒它。將所有敵人清除后回到地下室的醫(yī)療室與Ameer談話得到生態(tài)建筑SSC亭子的通行密碼，與醫(yī)師談話得到藥包，然后在清真寺找到前往生態(tài)建筑的電梯來到107層。

走出電梯遇到大量的敵兵，Dumier發(fā)來通訊得到解救戰(zhàn)俘Klara的任務(wù)。往前殺掉敵兵，在Pequod咖啡館的保險(xiǎn)箱拿到金錢和手雷。然后與角落里的NG談話得知她被困禁在110層。往前到征募處在墻上的保險(xiǎn)箱拿到100塊。由地上的斜坡通道進(jìn)入設(shè)計(jì)維護(hù)區(qū)(Nanoformer Programming)，在廊盡頭是WTO守衛(wèi)和鎖住的門，如果想救Klara的話要?dú)⒌羰匦l(wèi)，里面的守衛(wèi)會(huì)開門沖出來(省下電弧刀了)，沖進(jìn)去救出被關(guān)的Klara并得到武器配件。前往108層收集彈藥和手雷，往前清除掉大廳里的守衛(wèi)，在警衛(wèi)室摧毀槍塔和監(jiān)視器，用Ameer給的密碼打開柜子拿到武器配件和道具。

乘電梯來到機(jī)場大廳，出大廳與左邊的Illuminati士兵交談，沿斜坡走下去使用桌上的通訊儀與Saman聯(lián)絡(luò)，他提議你加入教會(huì)武士的行列，讓你將血漿樣本送給Todd博士檢驗(yàn)。這時(shí)前往候機(jī)大廳會(huì)遇到一些教會(huì)武士，這時(shí)他不再攻擊。來到23號(hào)機(jī)庫與Leila Nassif談話，然后前往儲(chǔ)藏室與里面的NG談話。

接下來要決定的是否加入教會(huì)階層，它會(huì)影響到你和三個(gè)派系之間的關(guān)系。這時(shí)前往24號(hào)機(jī)庫與Todd談話，如果將血樣交給他會(huì)加入教會(huì)，這時(shí)收到Saman發(fā)來的訊息要你前往紐約城，如果拒絕則馬上會(huì)觸發(fā)戰(zhàn)斗，然后接到刺殺保羅的任務(wù)，他就在24號(hào)機(jī)庫內(nèi)。然后去23號(hào)機(jī)庫走廊到貴賓室使用控制臺(tái)啟動(dòng)燈塔，與飛行員Ava離開。

第六幕：自由島，紐約

根據(jù)在開羅的最后抉擇，主角將會(huì)面對(duì)不同的敵人的和伙伴，接下來的行動(dòng)會(huì)有不同的際遇。來到自由島后Ava發(fā)來一份地圖，接下來根據(jù)伙伴的不同接任務(wù)的順序也有所不同，但總體的任務(wù)是相同的。接下來尋找阿奎奈電腦程序，JC Denton的超級(jí)電腦在最后階段扮演著重要的角色，幾個(gè)派系指派你去摧毀它的運(yùn)作。如果選擇幫助ApostleCorp的話，他們希望你上載阿奎奈程序，將它與太陽神系統(tǒng)合并，使他們的文化和人性得到提升和進(jìn)化。如果選擇幫助Illuminati，他們希望殺掉其他派系的首領(lǐng)，將阿奎奈程序上載到Illuminati的系統(tǒng)里，并殺掉JC Denton并摧毀他的系統(tǒng)，這樣他們將進(jìn)入超前繁榮的光明時(shí)代。如果選擇背叛并加入教會(huì)，Leo會(huì)要你殺掉其它派系的首領(lǐng)，并摧毀JC的電腦系統(tǒng)。根據(jù)三個(gè)不同的立場和路線，游戲會(huì)有三個(gè)結(jié)局。

在一開始拾取地上的彈藥補(bǔ)給，殺掉廣場附近的敵人，這時(shí)Saman、JC或Tracer Tong會(huì)發(fā)來訊息。往前在自由女神像的基座找到大門進(jìn)到大廳，在里面會(huì)找到JC和他的電腦系統(tǒng)，如果加入教會(huì)的話不要破壞里面的電腦系統(tǒng)，否則Saman會(huì)派出教會(huì)武士來修理你。由隧道前往自由島的東部，在北部碼頭角落的一間屋子會(huì)遇到ApostleCorp方面的Tracer Tong，往東部的建筑物大廳遇到教會(huì)方面的Saman，根據(jù)任務(wù)要求可選擇殺不殺他們。

回到自由島西部找到UNATCO廢墟入口，這時(shí)會(huì)收到Leo的通訊，進(jìn)入廢墟會(huì)遇到Billie Adams(如果當(dāng)初沒殺掉她的話)，如果加入教會(huì)她會(huì)幫助你應(yīng)付敵人，否則就要?dú)⒌羲?。下樓梯趕往控制室，沿途會(huì)遇到大隊(duì)敵兵的阻擊，在控制室里使用電腦(Aquinas Hub)，按照當(dāng)初你的立場選擇和任務(wù)要求，分別選擇將程序上載給Illuminati、Templars 或JC Denton一方。完成后離開廢墟，回到自由女神像下面的大廳，根據(jù)任務(wù)要求保留或摧毀JC Denton的電腦系統(tǒng)，游戲至此結(jié)束，觀看不同結(jié)局的過關(guān)動(dòng)畫吧。

隱藏關(guān)：秘密集會(huì)(Deus Ex: Invisible War Wrap Party)

在游戲最后的場景：自由島的西部找到UNATCO廢墟，在第一個(gè)房間里撥起地上的旗幟，沿樓梯走下去來到下面的居住區(qū)，在右盡頭的房間里找到一間只有一只馬桶的衛(wèi)生間，在這里即是隱藏地的所在，將手中的旗幟插到馬桶上直接傳送到聚會(huì)的現(xiàn)場，其實(shí)這里是西 雅圖夜總會(huì)的場景加以簡單的修飾。在這里游戲里出場的主要人物都會(huì)存在，有的跳舞有的唱歌，動(dòng)作和語言很具幽默感。建議在隱藏聚會(huì)中存檔，以便有空再來觀光。