畫面破碎，謝伊在數(shù)據(jù)的海洋中靜止著。耳邊響起女子的聲音，嗔怪你到底做了什么，引起病毒的發(fā)作。

　　睜眼回到現(xiàn)代世界，身穿棕色皮夾克的黑妹說你剛才在Animus里邊(玩過本系列的玩家并不陌生，這種終端機(jī)可以透過基因來追溯祖先的記憶)?，F(xiàn)代中的主角是Abstergo Entertainment的職員，剛剛用終端機(jī)來體驗(yàn)謝伊的基因記憶。

　　黑妹解釋說，剛才觸發(fā)了某種病毒，使得謝伊的基因庫出現(xiàn)狀況，她要找主角的上司梅拉妮·樂梅匯報(bào)。拿著平板電腦跟著黑妹走，平板上顯示當(dāng)前目標(biāo)的方向和距離，以及互動(dòng)按鍵提示，相當(dāng)于導(dǎo)航儀。

　　見過上司樂梅小/姐，也知道黑妹的名字叫維雷奧·達(dá)柯斯塔，她和奧托·柏格都是外聘的項(xiàng)目承包商。

　　樂梅讓主角按維雷奧的吩咐去做，于是前往機(jī)房清除病毒程序。這個(gè)小游戲很簡(jiǎn)單，正中的球體分三個(gè)區(qū)域，每個(gè)圓環(huán)上有條光線，按LB或RB來切換圓環(huán)，將三條光線分別投射到三個(gè)不同的區(qū)域上去。

　　病毒清理完成!

　　在數(shù)據(jù)庫中還找到“伯格的啟示”，里面說阿爾·慕瓦林被刺客組織譽(yù)為偉大的導(dǎo)師，實(shí)際是一個(gè)貪婪而腐化的人，他和圣殿騎士處心積慮的要奪取伊甸的蘋果，還利用最好的刺客阿泰爾來鏟除共犯，將蘋果據(jù)為己有。

　　盡管他不是圣殿騎士，但他的和平愿景更加符合圣殿騎士的理念。在過去，雙方曾有過共同的目標(biāo)，那就是和平，唯一的差別是如何去實(shí)現(xiàn)。

　　如果慕瓦林不被阿泰爾殺死的話，那么刺客兄弟會(huì)和圣殿騎士就不會(huì)如此對(duì)立了。雙方的斗爭(zhēng)激烈化，正是在阿泰爾以“自由意志”的全新理想改革兄弟會(huì)之后開始。

　　回到辦公室，利用終端機(jī)繼續(xù)探索謝伊的記憶。