密林區(qū)域中德朗被先前逮住的神秘少女所救，少女帶領(lǐng)德朗來(lái)到一神秘設(shè)施門前，沿路要保護(hù)少女，避免被卵泥棒龍所傷。設(shè)施前地區(qū)的大門有紅外線保護(hù)，進(jìn)不去。別急，先去左右關(guān)閉四個(gè)帶顏色的反應(yīng)堆，進(jìn)入大門。通過(guò)管理人私室，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)大廳。在這里，神秘少女啟動(dòng)幻影顯示裝置。德朗驚訝地看到自己老年的樣子，并發(fā)現(xiàn)自己將來(lái)做下的錯(cuò)誤之事及造成的災(zāi)難。為避免這一切的發(fā)生，只有一條路可走，那就是終止自己的生命，沒(méi)有將來(lái)的自己。同時(shí)德朗發(fā)現(xiàn)神秘少女原來(lái)是將來(lái)自己的女兒(大概是與阿瑞娜生的)，這一切真是讓德朗百感交加。

德朗和女兒前行來(lái)到巨大生物轉(zhuǎn)送室，終極恐龍：超暴龍出現(xiàn)。記住，你現(xiàn)在要做的是就是：快速往前跑，即往左邊速跑，再趕在臺(tái)階斷裂之前快速往下跑，站穩(wěn)后，來(lái)到畫面右上角，打開(kāi)衛(wèi)星通信末端按紐，接下來(lái)跑到畫面左下角附近，開(kāi)啟另一個(gè)衛(wèi)星通信末端，最后來(lái)到通道中部，開(kāi)啟總控衛(wèi)星通信設(shè)施。哇塞!茫茫宇宙，衛(wèi)星定位系統(tǒng)開(kāi)啟，戰(zhàn)斧導(dǎo)彈從天而降，穿破屋頂，終極恐龍終成終極。地下被炸成30層樓深的一個(gè)大圓坑。德朗帶著女兒快速向時(shí)間傳送門跑去，終于阿瑞娜和德朗會(huì)合了。正要通過(guò)傳送門回到自己的世界之際，德朗女兒被坍塌的鐵箱壓住了腿，鐵箱太重，人難以出來(lái)。德朗為了女兒更為了避免將來(lái)的由自己造成的災(zāi)難，面對(duì)著爆炸、坍塌的建筑，毅然選擇陪女兒留下來(lái)。阿瑞娜只得忍痛轉(zhuǎn)身離去。

承接上一集的故事情節(jié)，三年前在《恐龍危機(jī)1》中歷劫歸來(lái)、負(fù)責(zé)研究“第三能源”的卡克博士這次獲得政府的支持繼續(xù)進(jìn)行研究工作，并設(shè)置一座小型人工城市，但不幸的事繼續(xù)降臨在卡克博士身上，一整座人工城市竟然憑空消失，取而代之的卻是一片寂靜的史前叢林……

在這突如其來(lái)的奇異狀況下，蕾吉娜只好與新伙伴狄藍(lán)再度踏上找尋博士的旅程。

平靜的湖面上，一道霹靂閃過(guò)之后，時(shí)空之門被打開(kāi)了，一艘特種部隊(duì)的小艇橫空出現(xiàn)，去尋找古世紀(jì)恐龍復(fù)活的真相。夜晚林中露營(yíng)時(shí)，遭遇群恐龍襲擊，正絕望時(shí)，群龍紛紛掉頭逃走，原來(lái)此時(shí)出現(xiàn)一超級(jí)霸王龍，射擊、喊叫、撕咬、爆炸、追逐、逃亡.......

男主角狄藍(lán)和女主角蕾吉娜從昏迷中醒來(lái)時(shí)身在熱帶密林北側(cè)，交談后出發(fā)。在軍事基地前地區(qū)遇到無(wú)法擊敗的大恐龍：就是開(kāi)頭是出現(xiàn)的那只霸王龍!三十六計(jì)走為上，只能閃人。接下來(lái)，你還將遇到神秘的黑衣人，是敵是友?暫不可知。

繼續(xù)探險(xiǎn)至機(jī)械保管室，突然警報(bào)響起，懷疑狄藍(lán)是“非法入侵者”。門也同時(shí)關(guān)閉。出于保險(xiǎn)起見(jiàn)，狄藍(lán)從門縫將鑰匙扔出?，F(xiàn)在就全看女主角蕾吉娜的了，她的任務(wù)是救狄藍(lán)出來(lái)。

蕾吉娜獨(dú)自來(lái)到密林南側(cè)。在一個(gè)坡前面遇到一只暴龍，快跑!找到自動(dòng)售貨電腦，購(gòu)買火焰噴射器。之后，蕾吉娜也遭到黑衣人的襲擊。終于逮到了其中一個(gè)，原來(lái)是一個(gè)小姑娘，蕾吉娜將她拷在管理室?；氐接斜埖哪莻€(gè)坡前，用火焰噴射器燒死了它。

緊接著蕾吉娜將只身進(jìn)入毒植物區(qū)，她用火焰噴射器燒有毒胞子，最后順利通過(guò)。出去之后，蕾吉娜再次遭到黑衣人的襲擊.......歷盡艱苦之后，來(lái)到狄藍(lán)被困住的地方，把他救出。

找到蕾吉娜抓住的女孩，二人一同來(lái)到船上。發(fā)現(xiàn)動(dòng)力設(shè)備已經(jīng)損壞，必須找到替代品。于是狄藍(lán)來(lái)到港口，突然，一只特小的恐龍叼走了開(kāi)門用的鑰匙!一場(chǎng)貓捉老鼠的游戲上演了，狄藍(lán)必須不用武力而使用智慧解決這個(gè)難題，把小恐龍趕回籠子里并奪回磁片。

狄藍(lán)拿到替代的動(dòng)力設(shè)備回到船上，那個(gè)黑衣女孩已經(jīng)逃掉了。正要開(kāi)船，忽然聽(tīng)蕾吉娜尖叫!——無(wú)數(shù)條蛇頸龍與翼龍瘋狂的追來(lái)，一場(chǎng)大戰(zhàn)在所難免.......

終于靠岸以后，在樓前廣場(chǎng)遇見(jiàn)一只死掉的小三角龍，這時(shí)，大三角龍因?yàn)楹⒆拥乃蜡偪駬鋪?lái)。趕緊跳上左邊的車，用重?fù)襞诳翊蛉驱堊詈螅埮芰?，車也翻了。?dāng)二人爬出報(bào)廢的車后，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被迅猛龍包圍，就在緊要關(guān)頭，一陣爆炸驅(qū)散了群龍，原來(lái)是“牛仔”駕駛著卡曼契直升機(jī)前來(lái)解圍。

剛脫險(xiǎn)就遇見(jiàn)那只獨(dú)眼龍。這時(shí)，竟然出現(xiàn)了一只更大的霸王龍咬死了它!二人便走散了。

蕾吉娜來(lái)到發(fā)射場(chǎng)前。遇到狄藍(lán)和“牛仔”。三人決定坐船逃生，但水門擋住了去路。“牛仔”決定擰開(kāi)水門開(kāi)關(guān)，而狄藍(lán)則負(fù)責(zé)保護(hù)他，用機(jī)關(guān)炮掃射靠近“牛仔”的恐龍。完事后，正要逃，突然遭到恐龍襲擊，“牛仔”當(dāng)場(chǎng)死亡，狄藍(lán)跳崖逃生，而蕾吉娜則不知去向.......

跳下懸崖后昏迷的狄藍(lán)醒來(lái)，又遇見(jiàn)了那個(gè)黃頭發(fā)姑娘?，F(xiàn)在開(kāi)始，要和她在一起，保護(hù)她，漸漸的，陰謀玄疑背后的一切真相大白了，那女孩竟然是......

來(lái)不及喘一口氣，你必須到控制中心，啟動(dòng)總電腦，利用衛(wèi)星殺死那只一路追趕你的超級(jí)霸王龍.......

在這一集中，你將在兇殘恐龍的尖牙利爪下艱難求生，同時(shí)從紛繁復(fù)雜的蛛絲馬跡中抽絲剝繭，一個(gè)隱藏著陰謀、血腥，但是也充滿了親情，友情的驚心動(dòng)魄的故事將在你的面前漸漸展開(kāi)。其中駕駛氣墊船大戰(zhàn)蛇頸龍，在三角龍的追逐下亡命狂奔等場(chǎng)面宏大的精彩劇情絲毫不亞于一部《侏羅紀(jì)公園》。