在找到阿奎奈程序之后會(huì)收到刺殺其它派系首腦的任務(wù)，可根據(jù)你的立場(chǎng)選擇殺掉另外派系的首領(lǐng)，他們會(huì)在自由島的不同地點(diǎn)出現(xiàn)：ApostleCorp方面Tracer Tong在自由島東部的北碼頭一間小屋里;教會(huì)的Saman也在自由島的東部，碼頭外面的一座倉(cāng)庫(kù)建筑里;Illuminati方面的Chad Dumier和Nicolette DuClare則在自由島西部南碼頭的簡(jiǎn)易房里。

　　最后在自由島的西部找到UNATCO廢墟，這里就是超級(jí)電腦的所在地，要注意游戲的隱藏場(chǎng)景也在這里面。在廢墟的第一個(gè)房間找到一面插在地上的小旗，撥起來(lái)前往地下的居住區(qū)，在走廊盡頭的一個(gè)房間找到只有一只馬桶的衛(wèi)生間，將手里的小旗插到那只馬桶上即可來(lái)到隱藏場(chǎng)景。這里就是夜總會(huì)的場(chǎng)景，在本游戲中出場(chǎng)的主要人物都會(huì)在這盛大聚會(huì)中出現(xiàn)，或唱歌，或勁舞，或閑聊。巡游各處還會(huì)收集到一些日志，了解游戲開發(fā)和角色人物的背景情況。

　　在廢墟的住宅區(qū)附近還會(huì)遇到Billie Adams，如果當(dāng)初沒有殺掉她，并且你選擇教會(huì)的立場(chǎng)，這時(shí)她會(huì)幫助你消滅敵人，否則就會(huì)對(duì)你舉起槍管。趕到控制室找到超級(jí)電腦，這時(shí)要按照任務(wù)要求分別選擇將程序上載給Illuminati、Templars 或JC Denton一方。如選擇幫助ApostleCorp，他們希望你上載阿奎奈程序，將它與太陽(yáng)神系統(tǒng)合并，使他們的文化和人性得到提升和進(jìn)化。如選擇幫助Illuminati，他們希望將阿奎奈程序上載到Illuminati的系統(tǒng)里，殺掉JC Denton并摧毀他的系統(tǒng)，這樣他們將進(jìn)入超前繁榮的光明時(shí)代。如果選擇背叛并加入教會(huì)，Leo會(huì)要你摧毀JC的電腦系統(tǒng)。根據(jù)三個(gè)不同的立場(chǎng)和路線，游戲會(huì)有三個(gè)結(jié)局。完成程序的上載后離開廢墟，回到自由女神像基座的大廳，根據(jù)任務(wù)要求保留或摧毀JC Denton的電腦系統(tǒng)，游戲至此結(jié)束。