秦滅六國統(tǒng)一天下后的次年（公元前218年），秦始皇嬴政在全國推行酷法和苛政，秦朝軍隊也正繼續(xù)鎮(zhèn)壓全國各地抗秦殘黨，特別是墨家，墨家大寨在秦軍進逼之下，已經搖搖欲墜。這天墨家大弟子姬伯常帶領同門水鏡、屈嫻、季子耕前來無名丘接應外出刺探軍情的宋衍和田閔，久等不來，以為秦軍還相隔甚遠的水鏡在山丘上隨意走動，卻在山丘邊看到宋、田兩人正被秦軍機關部隊“踏弩”追殺，宋衍在逃跑中雖然射死一名敵軍，不幸被敵將軍射中慘死。眼見同門危在旦夕，水鏡立刻就要沖下去相救，而姬伯常意識到秦軍機關部隊的行軍速度和數(shù)量已對墨家大寨構成威脅，從墨家整體安危出發(fā)，否決了水鏡的提議，水鏡義憤之下決定單獨前往營救。姬伯常在下山路上攔住水鏡，決定自己和季子耕前去營救田閔，遣水鏡和屈嫻先行返回墨家大寨，向墨家鉅子——夫人桑紋錦（她是《軒轅劍貳外傳——楓之舞》中的紋錦，輔子澈的妻子）報告當前形勢。

第一章：窮路末路

支線情節(jié)：
（1）大寨內師兄鐘洪需要額外的木板，和馬由、裘蒙談話后可以得到。
（2）與曹秀、陶孟、劉少、朝富對話，猜誰跑得快（隨機）。
（3）乃風師姐要求捕捉六只大寨內的野狗。
（4）憶凡師姐要求準確排列詩句，必須與大寨內幾乎所有人對話后才觸發(fā)。
（5）幫小桃問鐘洪要割傷藥，完成鐘洪任務后才能觸發(fā)。

主線：
下了無名丘返回墨家大寨，逐一與同門交談能完成很多支線情節(jié)。水鏡得知墨家昔日機關技術冠絕天下，即使是暴秦用以掃平六國、橫行天下的機關部隊“踏弩”和“巨雷”，與墨家科技最盛之時相比也是天差地別。墨家創(chuàng)始人墨子擔憂被壞人濫用機關術，便禁止此技術的使用和推廣，致使墨家機關技術逐漸失傳。加上墨家一向提倡“兼愛”、“非攻”，因此即便是如今面臨存亡絕續(xù)的緊要關頭，夫人仍不愿意使用機關術，甚至不肯公開機關術在墨家實際的存在。墨家上下在人心惶惶的同時，普遍存在著對夫人紋錦的猜疑，水鏡自己也在為此感到迷惑，在主廳背面與屈嫻談話，對于夫人在如此情勢下仍不愿意動用機關術大為不解，現(xiàn)在墨家大寨整日奔忙于修繕和移防，墨門隨時都可能大廈將傾，而眾人的血肉之軀又如何能和暴秦的機關獸對抗？

水鏡和屈嫻進入主廳，知道夫人主持完修繕工作正在休息，水鏡執(zhí)意要即刻晉見。在二樓將形勢告知夫人紋錦，水鏡忍不住又提起墨家機關技術一事，卻被紋錦以沉默相對，神色之間頗為猶豫，屈嫻連忙拉走了水鏡。晚上水鏡想起日間紋錦的奇怪神色，不禁越發(fā)生疑，她決定再次晉見紋錦，問個明白。紋錦告訴水鏡，墨家的機關術當年的確無人能及，但因恐為惡人用以為禍天下，故墨子禁止本門弟子使用和鉆研，以致于失傳。而身為趙國遺民的水鏡除感激墨家收養(yǎng)之恩外，更愿意為墨家興衰出力，紋錦便讓水鏡到大寨西南方的潛元洞去取自己密藏的一份200年前遺留下來的竹簡，里面記錄了機關技術的奧妙。

于是水鏡連夜前往潛元洞，一路殺進去拿到竹簡，一直尾隨觀察其表現(xiàn)的紋錦現(xiàn)身，對她的表現(xiàn)十分滿意?；氐酱笳螅y錦即將竹簡授予水鏡，并告訴她此物是其夫君所留，里面記載了墨家研究魯班機關術的精華所在，還集兵法、思想于其中。她令水鏡好好研究其中奧妙，萬一墨家不幸滅亡而暴秦無道，水鏡可將竹簡中的奇術擇人傳授，以推翻秦朝，復興天下。

一覺醒來，水鏡得知田閔已被救回，但代價慘重--姬伯常重傷昏迷，季子耕陣亡，眾弟子聞知都傷痛不已，對水鏡的沖動頗有微辭。屈嫻等人被紋錦召去執(zhí)行神秘任務，水鏡則協(xié)助墨家大寨移防，為躲避秦軍四處流浪。這日和師妹虞紫談起眼前形勢，水鏡想拿出竹簡研究，卻不認識上面的奇怪文字，虞紫說淳于醫(yī)官識得多國文字，不如向他求教。來到醫(yī)館，淳于醫(yī)官辨出簡上文字乃是300年前的晉文，晉國后來分成魏、韓、趙3國，而夫人紋錦的夫君以前正是晉國人。同時他告訴水鏡，由于秦始皇醉心于仙術，正在東游尋求長生之法，屈嫻等人正是奉夫人之命，在其東游途中等待機會，伺機行刺。水鏡決定按醫(yī)官指點，偷偷前往洛陽尋找能解讀竹簡之人，順便找機會協(xié)助屈嫻刺殺秦皇。

從虞紫處得到外出的令牌，離開墨家大寨來到博浪沙前段（地圖右方）。在主道邊的山坡上發(fā)現(xiàn)制造精巧的投石機，本以為是同門準備行刺秦王，誰知不久卻看到一位年輕公子和一名力士隨從出現(xiàn)，在調試好投石機后秦皇車隊出現(xiàn)，力士隨即發(fā)射巨石刺殺秦皇。想不到車中出現(xiàn)一紫面老者，揮手間便將空中砸下的巨石炸成碎片！震驚之下山上眾人紛紛遁逃，水鏡在博浪沙后段遇到了被追兵截住的年輕公子和秦兵中的傻瓜“砍頭三人組”，水鏡除掉他們救下年輕公子后，眼見追兵趕到自己卻體力難支。這時屈嫻等墨家同門出現(xiàn)，解決追兵將兩人帶回墨家大寨。墨家弟子中行憲、禽兌等人力主因水鏡破壞行刺計劃而將她治罪，公子表明身份，自言名叫姬良，乃是韓國后裔，韓亡國前受封于張邑，日間博浪沙刺秦事件是他自己一手策劃，因為神秘方士赤松子出手護駕，才徒勞無功。紋錦得知赤松子暗中跟隨秦皇，在此情況下墨家子弟能全身而退實是天大僥幸，便不再責怪水鏡。


第二章：柳暗花明

支線情節(jié)：
（1）天書功能開啟后，玩家可在天書中建造可居住房屋，并收服妖怪成為天書世界的居民。還可以建造各種用途的廠房，將居民放置于內。在游戲過程中可拾到或買到金屬、木材、煤炭3種資源，與妖怪戰(zhàn)斗勝利可獲得金錢。合理分配這4種資源，可建造不同用途的房屋并煉化各種武器、防具、藥品、法寶。詳見“天書說明”。
（2）回答鬼魂呂凱的問題，可向鬼魂商人購買物品。
（3）與廣小懿談愛情觀（并無后續(xù)劇情）。
（4）幫助黃榮找到其子小強（蟑螂？），事后在咸陽集市會再次遇到黃榮，得到蜂王露和天地符紙。
（5）判斷諸子百家誰的問題正確，在墨家處可得到元氣妙丹（防永久+10），儒家得舍利子（仙防永久+10），道家得到詳慧之書（仙攻永久+10），法家得到活靈芝（攻永久+10）。
（6）在凱叔處可高價買到封印之蛋1個。
（7）聆聽祖師爺?shù)摹敖陶d”，可得還靈丹。
（8）在驛館可和周員外賭錢9次（可以一直按Ctrl鍵），最多可贏4500錢。
（9）在驛館二樓幫嘉嘉父母尋找偷跑出去玩的嘉嘉，得到指向傀儡，之后回到找到嘉嘉處和仔仔對話，得到神秘果。
（10）在驛館旁幫鬼物主人驅鬼，如選擇收100錢，事后洪明會送喚云符紙；如選擇不收，則須依次找藥店老板和梁員外，在梁員外處得到千年人參給洪明母親治病。在和梁員外對話時選擇“欺騙他”，則最后洪明送毒砂罐，如選擇“如實相告”則洪明送入夢鈴。
（11）在洛陽城內亂逛，可以兩次遇到會消失的神秘乞丐，后來可以在臨淄第3次遇到神秘乞丐，在咸陽集市入口第4次遇到，得到法寶非常門標志。
（12）在洛陽遇見與兄弟失散的林斌，他要求幫忙尋找兄弟林源。

主線：
水鏡被罰一個月不準離開墨家大寨，無聊之際想起姬良也許能夠解讀竹簡文字，從同門口中得知他正在韓國古墓中研究機關。來到古墓內，看到姬良在古墓第1層鉆研機關，水鏡頗感興趣，一起幫忙尋找，卻觸動了機關，讓內層的妖怪啟動將古墓大門和通往內層的木門雙雙鎖死。水鏡第2次開啟機關，妖怪在內層仍然將門鎖上，水鏡只好先將墨家竹簡交給姬良解讀，卻被姬良帶入了竹簡中的“天書世界”。姬良慢慢得悉竹簡的妙用后，對天書世界產生了極大興趣，甚至還打算在此世界長久居住，全然不管水鏡正在為尋找出路而著急，水鏡又急又氣，也無可奈何。

在姬良基本了解天書功能后，水鏡找到了回現(xiàn)實世界的路（和姬良連續(xù)對話兩次）?；氐焦拍?，發(fā)現(xiàn)墓門不知何時打開了，而來到古墓的屈嫻竟然又觸碰機關，墓門再次鎖死。兩人正在發(fā)呆，幸好姬良及時出來，讓屈嫻上前觸碰機關，姬良則趁通向內層的墓門打開后將搗亂的妖怪收入天書，內層墓門便不再關上。3人進入古墓深處，點燃兩盞燈后竟然遇到了砍頭三人組的鬼魂，三鬼大義凜然，欲解放陪葬眾人的魂魄。在墓室內和其他鬼魂交談，得知此乃韓國貴族長壽君的墓穴，觸碰棺蓋將長壽君鬼魂驚醒，剛打倒他，砍頭三人組找到了當年建墓的白灰?guī)煾档幕昶?，他告知墓穴底層的出路，鬼魂們紛紛離去，3人連忙跟上。在墓穴底層打開通連接大禹水道的門（需要先打開左右兩個開關）便來到了洛陽城外。姬良掛念和他一起刺殺秦皇的力士田角，又要追尋天書中的機關術線索，于是前往洛陽拜會前輩倉海君，水鏡和屈嫻也陪同前往。

在洛陽城門口救下了被強盜打劫的楚地商人項伯，然后進入洛陽。洛陽本是豪華富庶的大城，但被秦始皇為鑄造十二金人弄得洛陽城內怨聲載道，民眾苦不堪言。來到倉海君家門前，得知倉海君已和眾富商一起被帶到驛館，不日便將啟程前往咸陽，于是眾人前往驛館拜會倉海君，見過倉海君后到客棧（城門邊）休息，姬良研究竹簡，天書功能升級）。倉海君介紹項伯與眾人認識，并告訴姬良以后若有事可請項伯幫忙。在項伯資助下為長工安渠贖身，安渠感激不已，贈送前往魯班船屋遺跡的地圖。

水鏡在與項伯的交談中得知秦始皇一心求仙，只身一人在東海海濱的之罘山，將軍隊和方士赤松子（即片頭動畫里的老者，而動畫里和他對戰(zhàn)的則是楓之舞的主角：輔子澈）派遣到南方的瑯琊臺，便欲趁機刺殺秦皇，姬良卻認為這是秦皇為了找出刺客故意布置的陷阱，水鏡只得先和姬良去尋找魯班機關船的遺跡。在洛陽東北方找到了魯班船屋遺跡的入口，進入遺跡來到魯班船屋遺跡的中心地帶——魯班書房（中間會經歷20場戰(zhàn)斗，走路速度快的話不打完也可），姬良留下來研究，水鏡則和屈嫻在最下層見到機關術的精華之一---機關鳶。此刻水鏡一心只想去刺殺秦皇，姬良卻沉迷于研讀魯班留下的機關術精義，而屈嫻對刺秦一事也抱反對態(tài)度，水鏡氣急之下決定單獨行動。