每個(gè)一般關(guān)卡和進(jìn)階關(guān)卡中都會(huì)有鐵籠子關(guān)著金鑰匙，用力量角色打破鐵籠能得到鑰匙，此后保持不爆環(huán)過關(guān)，評(píng)價(jià)結(jié)束后就會(huì)進(jìn)入獎(jiǎng)勵(lì)關(guān)卡。奇數(shù)號(hào)Stage關(guān)卡(即每個(gè)Zone的第一小關(guān))的獎(jiǎng)勵(lì)關(guān)卡是撿球撿到到達(dá)完成星，獎(jiǎng)勵(lì)是生命數(shù);雙數(shù)號(hào)Stage關(guān)卡(即每個(gè)Zone的第二小關(guān))的獎(jiǎng)勵(lì)關(guān)卡是撿球撿到追上在空中飛的混沌翡翠(Chaos Emerald)或者時(shí)間結(jié)束，追上翡翠的獎(jiǎng)勵(lì)是生命數(shù)和對(duì)應(yīng)翡翠，時(shí)間結(jié)束算作關(guān)卡失敗，無獎(jiǎng)勵(lì)。

　　獎(jiǎng)勵(lì)關(guān)卡最終BOSS關(guān)卡

　　四組全數(shù)通關(guān)并且集齊了七顆混沌翡翠后，在Story模式中Chaotix組右邊會(huì)出現(xiàn)一個(gè)新內(nèi)容Last，這就是最終Boss的劇情部分。最終Boss有大量劇情動(dòng)畫，而正式的Boss關(guān)卡則分為兩部分。

　　Part1.Metal Madness (狂怒合金)

　　劇情動(dòng)畫后Boss關(guān)卡第一部分開始。Boss會(huì)在原地靜止進(jìn)攻我方，除Team Sonic外的三個(gè)組按Rose、Chaotix、Dark的順序從三個(gè)不同方向攻擊Boss弱點(diǎn)，各方向弱點(diǎn)血量均為100。每次Boss都只會(huì)攻擊受玩家控制的小組。而無視其余兩個(gè)小組(白癡啊- -)。特別需要注意的是，弱點(diǎn)會(huì)顯現(xiàn)并不斷變換顏色。弱點(diǎn)當(dāng)前顯現(xiàn)的顏色代表當(dāng)前被免疫人物的屬性，比如當(dāng)弱點(diǎn)顯藍(lán)色則速度型角色攻擊無效。前兩組攻破后自動(dòng)載入一段臺(tái)詞然后自動(dòng)進(jìn)入下一組。Dark組攻破后自動(dòng)劇情，進(jìn)入下一部分。

　　Part2.Metal Overlord (合金帝王)

　　劇情完畢后Team Super Sonic(Team Sonic+Seven Chaos Emeralds)登場(chǎng)。此處的Boss像Zone4的Boss一樣會(huì)一邊緩慢逃竄一邊攻擊，不過由于7個(gè)混沌翡翠的力量Team Super Sonic免疫所有傷害，攻擊只能起到延緩角色追擊Boss的作用。Team Super Sonic最初自動(dòng)擁有50個(gè)金環(huán)，而在整個(gè)追擊Boss過程金環(huán)會(huì)不斷減少，每1秒減少一個(gè)，如果金環(huán)歸零Team Super Sonic就會(huì)恢復(fù)普通型態(tài)并被輕易殺死。在追擊Boss途中會(huì)有很多氣球，打氣球可以補(bǔ)充金環(huán)，另外也有可能掃到升級(jí)能量。Boss沒有血量概念，因?yàn)樗皇躎eam Blast傷害，而且要求玩家施放Team Blast5次才能擊敗Boss過關(guān)。為了積滿組隊(duì)必殺能量，需要用不同的方法破除Boss的攻擊。冰箭要用Sonic的Homing Attack一個(gè)一個(gè)擊碎;導(dǎo)彈要換Tails用Thunder Shoot掃掉;而如果Boss向你扔飛機(jī)(Egg Fleet--蛋頭艦隊(duì)的殘骸)，則要用Knuckles放Fire Dunk炸掉。另外閑著沒事的時(shí)候可以用Tails狂放Thunder Shoot攢組隊(duì)必殺能量。

　　打敗Metal Overlord 后會(huì)記錄四隊(duì)總時(shí)間并根據(jù)總時(shí)間作評(píng)價(jià)，不作計(jì)分。