30年前，同樣是王國(guó)和都市同盟間的一場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)，但挑起戰(zhàn)火的是都市同盟首領(lǐng)，安娜貝爾（アナベル）的父親達(dá)雷爾（ダレル）。當(dāng)時(shí)的王國(guó)軍由著名將領(lǐng)哈恩（ハーン）率領(lǐng)，而達(dá)雷爾（ダレル）對(duì)帶兵打戰(zhàn)則是個(gè)門(mén)外漢，還好當(dāng)時(shí)主角師傅也是父親幫助都市同盟抵抗住了王國(guó)軍的反攻。哈恩（ハーン）和主角父親在同一個(gè)村子長(zhǎng)大，也是最好的朋友，所以后來(lái)通過(guò)他們倆的努力，都市同盟和王國(guó)間初步達(dá)成和約。但達(dá)雷爾（ダレル）對(duì)此很不滿意，不肯把卡洛街交還帝國(guó)。眼看戰(zhàn)爭(zhēng)又要爆發(fā)，當(dāng)時(shí)王國(guó)的國(guó)王提出讓哈恩（ハーン），主角師傅兩人進(jìn)行比武，由結(jié)果決定卡羅街的歸屬。國(guó)王將自己的佩劍交給哈恩（ハーン），達(dá)雷爾（ダレル）也將自己的劍交給主角父親，決斗開(kāi)始，但是主角父親毫無(wú)斗志，連劍也沒(méi)舉過(guò)。顯然，哈恩（ハーン）代表的王國(guó)軍獲得勝利?？褰志椭匦職w屬于王國(guó)，主角父親從那之后就被流放，一時(shí)間被認(rèn)為是同盟的背叛者。直到后來(lái)達(dá)雷爾（ダレル）卸任，事情的真相才逐漸傳開(kāi)：原來(lái)比武時(shí)達(dá)雷爾（ダレル）給的那把劍染過(guò)毒，被主角父親識(shí)破，在沒(méi)有其他辦法的情況下，只好主動(dòng)認(rèn)輸。主角父親的罪名洗刷了，但他再也沒(méi)有回到過(guò)都市同盟。聽(tīng)維克多（ビクト-ル）講完這個(gè)故事，主角回房休息。早上來(lái)到廣場(chǎng)，再次找軍師談話，最終主角當(dāng)上了同盟軍首領(lǐng)。門(mén)之紋章繼承者萊格娜特（レックナート）再次出現(xiàn)，派出路克（ルック）加入我軍，同時(shí)帶來(lái)一塊約束的石板。
在根據(jù)地門(mén)口遇到菲恰（フイツチヤ-），談話后再到二樓廣場(chǎng)找到他，原來(lái)他是請(qǐng)主角去托利瓦（トウ-リバ-）市締結(jié)同盟的，然后他會(huì)隨隊(duì)同行?，F(xiàn)在可以到各地收得不少同伴，最主要是在庫(kù)斯庫(kù)斯村（クスクスの村）右邊先收到能駕船的太河（ダイ·ホ-）。準(zhǔn)備好一切后，將太河（ダイ·ホ-）調(diào)入隊(duì)伍，前往二樓廣場(chǎng)，交談后，選擇同伴來(lái)到根據(jù)地碼頭，乘船到西面的雷克崴斯特街（レイクウエストの街）。一上岸，菲?。ē榨ぅ磨隶?）就先離開(kāi)了。出村繼續(xù)往西就來(lái)到托利瓦（トウ-リバ-）市，這是個(gè)人類，考布魯特（犬人），有翼人共同居住的地方。一進(jìn)城門(mén)主角就被一個(gè)有翼人少年撞了一下，來(lái)到市政廳門(mén)外和守衛(wèi)對(duì)話，才發(fā)現(xiàn)身上的錢(qián)都不見(jiàn)了，同時(shí)不見(jiàn)的還有介紹信。這時(shí)主角等人才意識(shí)到都被剛才那個(gè)少年偷走了，于是追著少年跑，但還是被他逃走了。回到人類居住區(qū)，看到菲?。ē榨ぅ磨隶?）正在被利德里（リドリー）將軍罵，主角上前說(shuō)明情況后，便可以進(jìn)入市政廳，和市長(zhǎng)談話后，被安排到宿屋休息。宿屋二樓又會(huì)遇到那個(gè)有翼人少年，他似乎對(duì)人類很不信任的樣子，匆匆飛走。第二天早上，來(lái)到市政廳會(huì)看見(jiàn)市長(zhǎng)和利德里（リドリー）將軍正在爭(zhēng)吵，不久利德里（リドリー）自行離去，選2，市長(zhǎng)讓主角去找利德里（リドリー）。來(lái)到精靈居住區(qū)想問(wèn)一下情況，守衛(wèi)卻不讓主角等人進(jìn)入，只好回去。途中，那個(gè)有翼人少年又出現(xiàn)偷了菲?。ē榨ぅ磨隶?）錢(qián)包，眾人追著他進(jìn)入下水道。不斷深入并打敗boss，找到了下水道出口，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)來(lái)到了考布魯特居住區(qū)。利德里（リドリー）出現(xiàn)，談話后得知原來(lái)市長(zhǎng)想要私自作決定和王國(guó)簽和約，但利德里（リドリー）不同意感到人類不可信任。于是主角回到人類居住區(qū)，找市長(zhǎng)談話，最后市長(zhǎng)也同意了大家的意見(jiàn)，終止簽訂和約。出了市政廳，又一次遇到那個(gè)有翼少年，他會(huì)帶著你到有翼人居住區(qū)見(jiàn)他奶奶，從而取得了有翼族的信任，之后回到宿屋休息。

第二天，王國(guó)軍將領(lǐng)基巴（キバ）果然破壞和約開(kāi)始進(jìn)攻托利瓦（トウ-リバ-）市。戰(zhàn)斗一次后，菲恰（フイツチヤ-）讓主角去找利德里（リドリー）幫忙，選2之后，前往犬人居住區(qū)找到利德里（リドリー），但是他還不肯幫忙?；氐綉?zhàn)場(chǎng)，有翼人精靈族相繼會(huì)加入戰(zhàn)斗，不久，軍師修（シユウ）帶著援軍趕到，王國(guó)軍只好撤退。畫(huà)面會(huì)轉(zhuǎn)到盧卡（ルカ）的營(yíng)帳內(nèi)，由于進(jìn)攻主角根據(jù)地失敗，王國(guó)軍將領(lǐng)索倫·基（ソロン?ジー）被處決；同時(shí)一旁的喬伊（ジヨゥイ）會(huì)自告奮勇帶領(lǐng)5000士兵進(jìn)攻格林希爾（グリンヒル）市。來(lái)到市政廳市長(zhǎng)辦公室，談話過(guò)后，幾名同伴加入。在城門(mén)附近，選1有翼人少年也會(huì)加入。

接下來(lái)可以到各地爭(zhēng)取更多同伴加入。在雷克崴斯特街（レイクウエストの街）宿屋遇到過(guò)希格斯（ヒックス）和坦伽爾（テンガア-ル）后，來(lái)到南方的考布魯特村（コボルトの村），看見(jiàn)他倆說(shuō)要尋找傳說(shuō)中的獨(dú)角獸。來(lái)到上方村長(zhǎng)的房間，談話后在此休息一晚。第二天，坦伽爾（テンガア-ル）病了，村長(zhǎng)說(shuō)她是中了詛咒，需要分別到南窗市道具屋取得藍(lán)石，主角等人取得后回到這里，村長(zhǎng)又說(shuō)去風(fēng)之洞窟找到紅花，拿到手后返回，村長(zhǎng)又說(shuō)還需要到托利瓦（トウ-リバ-）市的下水道取得綠玲。一番周折后，第3次回到考布魯特村（コボルトの村），坦伽爾（テンガア-ル）卻已經(jīng)不見(jiàn)了，村長(zhǎng)說(shuō)，她應(yīng)該在獨(dú)角獸森林。進(jìn)入村子上方的獨(dú)角獸森林，在最深處會(huì)找到坦伽爾（テンガア-ル），村長(zhǎng)等人也來(lái)了，原來(lái)之前一切都是坦伽爾（テンガア-ル）的計(jì)劃，她只是在裝病，只不過(guò)想考驗(yàn)一下希格斯（ヒックス）的勇氣。這時(shí)獨(dú)角獸突然出現(xiàn)，村長(zhǎng)等人都被嚇跑，而希格斯（ヒックス）留了下來(lái)保護(hù)坦伽爾（テンガア-ル），接著獨(dú)角獸又神秘消失?；氐酱彘L(zhǎng)房間，交談后，坦伽爾（テンガア-ル）希格斯（ヒックス）加入隊(duì)伍。

把一切目前能收到的同伴都找到，回到根據(jù)地二樓廣場(chǎng)，修（シユウ）說(shuō)，格林希爾（グリンヒル）市已被王國(guó)軍占領(lǐng)，為營(yíng)救其市長(zhǎng)，讓弗利克（フリック），主角帶上幾個(gè)學(xué)生樣子的同伴前去調(diào)查。一切準(zhǔn)備好后，進(jìn)入格林希爾（グリンヒル）市。主角等人假扮成大學(xué)新生，弗利克（フリック）則作為監(jiān)護(hù)人騙過(guò)了守衛(wèi)。在街上會(huì)看到一個(gè)叫尼娜（ニナ）的女孩被王國(guó)軍士兵欺負(fù)，弗利克（フリック）主角等人趕走了士兵。進(jìn)入上方的學(xué)員，與接待處的艾美莉亞（エミリア）談話后，她會(huì)帶著眾人參觀學(xué)院，其間會(huì)看到市長(zhǎng)保鏢辛（シン），并得知市長(zhǎng)已經(jīng)失蹤。出了學(xué)院，會(huì)遇到尼娜（ニナ），她對(duì)弗利克（フリック）很有興趣，強(qiáng)行拉著他四處逛去了。來(lái)到左方的學(xué)院宿舍報(bào)道，主角會(huì)被安排到二樓休息。夜晚的時(shí)候，尼娜（ニナ）會(huì)對(duì)那那米（ナナミ）說(shuō)些莫名其妙的話，看來(lái)是誤以為那那米（ナナミ）對(duì)弗利克（フリック）也有意思了。早上出宿舍，弗利克（フリック）告訴主角辛（シン）很可疑，要調(diào)查一下新。在宿屋旁邊會(huì)看見(jiàn)隊(duì)長(zhǎng)勞伍德（ラウド）在調(diào)查市長(zhǎng)的下落，這時(shí)辛（シン）出現(xiàn)趕走了勞伍德（ラウド）。主角等人跟著新進(jìn)入學(xué)院，但之后辛（シン）就沒(méi)了蹤影。主角只好回宿舍休息，尼娜（ニナ）又會(huì)出現(xiàn)并嚇那那米（ナナミ）說(shuō)這里有幽靈。早上再次進(jìn)入學(xué)院，在接待處左側(cè)又看見(jiàn)尼娜（ニナ），她會(huì)問(wèn)弗利克（フリック）哪里去了，并讓那那米（ナナミ）不要打弗利克（フリック）的主意。在市中心，看到菲恰（フイツチヤ-）被村民圍攻，弗利克（フリック）上前解救了他。菲?。ē榨ぅ磨隶?）對(duì)市長(zhǎng)失蹤也一無(wú)所知，弗利克（フリック）說(shuō)再去學(xué)院調(diào)查一下，但前往學(xué)院又會(huì)碰到尼娜（ニナ），一見(jiàn)到她，弗利克（フリック）就飛也似的逃走了。晚飯后，尼娜（ニナ）照例出現(xiàn)教訓(xùn)那那米（ナナミ）一頓。午夜時(shí)候，那那米（ナナミ）說(shuō)聽(tīng)見(jiàn)怪聲，于是幾個(gè)人四處調(diào)查，看到一個(gè)黑影，在地窖里調(diào)查沒(méi)有打開(kāi)的燈，就會(huì)開(kāi)啟一扇門(mén)，穿過(guò)密道會(huì)發(fā)現(xiàn)來(lái)到了學(xué)院內(nèi)，繼續(xù)追著黑影跑，發(fā)現(xiàn)黑影竟是弗利克（フリック），原來(lái)他正在跟蹤辛（シン），調(diào)查左方雕像，又一道暗門(mén)會(huì)打開(kāi)。進(jìn)入山路，在深處找到市長(zhǎng)，她原來(lái)一直躲在這里，交談后了解一些情況，此時(shí)她還不愿意跟著主角等人走，主角就回到宿舍休息。第二天在市中心，隊(duì)長(zhǎng)勞伍德（ラウド）正在懸賞緝拿市長(zhǎng)，主角和那那米（ナナミ）還看到了成為王國(guó)軍將領(lǐng)的喬伊（ジヨゥイ）。比莉卡（ビリカ）此時(shí)很激動(dòng)走了過(guò)去，那那米（ナナミ）連忙把她拉了回來(lái)，由于身份已經(jīng)暴露，主角只好奔向?qū)W院的密道。來(lái)到市長(zhǎng)的藏身處，除了市長(zhǎng)，辛（シン），還會(huì)看到尼娜（ニナ），原來(lái)尼娜（ニナ）也一直在幫助市長(zhǎng)。幾個(gè)人回到學(xué)校，又碰到勞伍德（ラウド）隊(duì)長(zhǎng)。幾場(chǎng)戰(zhàn)斗后，尼娜（ニナ）帶來(lái)一大批村民嚇走了勞伍德（ラウド）。最后市長(zhǎng)終于答應(yīng)跟我們到根據(jù)地去，眾人從學(xué)院密道離開(kāi)格林希爾（グリンヒル）市。山路中，會(huì)遇到喬伊（ジヨゥイ），他說(shuō)戰(zhàn)爭(zhēng)才剛剛開(kāi)始希望主角和那那米（ナナミ）離開(kāi)同盟軍，之后讓主角自由離開(kāi)了。接著看到隊(duì)長(zhǎng)勞伍德（ラウド）趕了上來(lái)，問(wèn)喬伊（ジヨゥイ）為何放走主角，喬伊（ジヨゥイ）卻說(shuō)沒(méi)看到任何人。于是勞伍德（ラウド）威脅說(shuō)要告訴盧卡（ルカ），這時(shí)王國(guó)軍的兩將領(lǐng)也說(shuō)沒(méi)看到任何人，勞伍德（ラウド）只好離開(kāi)。原來(lái)不僅僅是喬伊（ジヨゥイ），這兩位將領(lǐng)也不贊成盧卡（ルカ）的行為，寧愿為喬伊（ジヨゥイ）效力。