30年前，同樣是王國和都市同盟間的一場戰(zhàn)爭，但挑起戰(zhàn)火的是都市同盟首領(lǐng)，安娜貝爾（アナベル）的父親達雷爾（ダレル）。當(dāng)時的王國軍由著名將領(lǐng)哈恩（ハーン）率領(lǐng)，而達雷爾（ダレル）對帶兵打戰(zhàn)則是個門外漢，還好當(dāng)時主角師傅也是父親幫助都市同盟抵抗住了王國軍的反攻。哈恩（ハーン）和主角父親在同一個村子長大，也是最好的朋友，所以后來通過他們倆的努力，都市同盟和王國間初步達成和約。但達雷爾（ダレル）對此很不滿意，不肯把卡洛街交還帝國。眼看戰(zhàn)爭又要爆發(fā)，當(dāng)時王國的國王提出讓哈恩（ハーン），主角師傅兩人進行比武，由結(jié)果決定卡羅街的歸屬。國王將自己的佩劍交給哈恩（ハーン），達雷爾（ダレル）也將自己的劍交給主角父親，決斗開始，但是主角父親毫無斗志，連劍也沒舉過。顯然，哈恩（ハーン）代表的王國軍獲得勝利。卡洛街就重新歸屬于王國，主角父親從那之后就被流放，一時間被認為是同盟的背叛者。直到后來達雷爾（ダレル）卸任，事情的真相才逐漸傳開：原來比武時達雷爾（ダレル）給的那把劍染過毒，被主角父親識破，在沒有其他辦法的情況下，只好主動認輸。主角父親的罪名洗刷了，但他再也沒有回到過都市同盟。聽維克多（ビクト-ル）講完這個故事，主角回房休息。早上來到廣場，再次找軍師談話，最終主角當(dāng)上了同盟軍首領(lǐng)。門之紋章繼承者萊格娜特（レックナート）再次出現(xiàn)，派出路克（ルック）加入我軍，同時帶來一塊約束的石板。
在根據(jù)地門口遇到菲恰（フイツチヤ-），談話后再到二樓廣場找到他，原來他是請主角去托利瓦（トウ-リバ-）市締結(jié)同盟的，然后他會隨隊同行?，F(xiàn)在可以到各地收得不少同伴，最主要是在庫斯庫斯村（クスクスの村）右邊先收到能駕船的太河（ダイ·ホ-）。準備好一切后，將太河（ダイ·ホ-）調(diào)入隊伍，前往二樓廣場，交談后，選擇同伴來到根據(jù)地碼頭，乘船到西面的雷克崴斯特街（レイクウエストの街）。一上岸，菲?。ē榨ぅ磨隶?）就先離開了。出村繼續(xù)往西就來到托利瓦（トウ-リバ-）市，這是個人類，考布魯特（犬人），有翼人共同居住的地方。一進城門主角就被一個有翼人少年撞了一下，來到市政廳門外和守衛(wèi)對話，才發(fā)現(xiàn)身上的錢都不見了，同時不見的還有介紹信。這時主角等人才意識到都被剛才那個少年偷走了，于是追著少年跑，但還是被他逃走了?；氐饺祟惥幼^(qū)，看到菲?。ē榨ぅ磨隶?）正在被利德里（リドリー）將軍罵，主角上前說明情況后，便可以進入市政廳，和市長談話后，被安排到宿屋休息。宿屋二樓又會遇到那個有翼人少年，他似乎對人類很不信任的樣子，匆匆飛走。第二天早上，來到市政廳會看見市長和利德里（リドリー）將軍正在爭吵，不久利德里（リドリー）自行離去，選2，市長讓主角去找利德里（リドリー）。來到精靈居住區(qū)想問一下情況，守衛(wèi)卻不讓主角等人進入，只好回去。途中，那個有翼人少年又出現(xiàn)偷了菲?。ē榨ぅ磨隶?）錢包，眾人追著他進入下水道。不斷深入并打敗boss，找到了下水道出口，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)來到了考布魯特居住區(qū)。利德里（リドリー）出現(xiàn)，談話后得知原來市長想要私自作決定和王國簽和約，但利德里（リドリー）不同意感到人類不可信任。于是主角回到人類居住區(qū)，找市長談話，最后市長也同意了大家的意見，終止簽訂和約。出了市政廳，又一次遇到那個有翼少年，他會帶著你到有翼人居住區(qū)見他奶奶，從而取得了有翼族的信任，之后回到宿屋休息。

第二天，王國軍將領(lǐng)基巴（キバ）果然破壞和約開始進攻托利瓦（トウ-リバ-）市。戰(zhàn)斗一次后，菲?。ē榨ぅ磨隶?）讓主角去找利德里（リドリー）幫忙，選2之后，前往犬人居住區(qū)找到利德里（リドリー），但是他還不肯幫忙。回到戰(zhàn)場，有翼人精靈族相繼會加入戰(zhàn)斗，不久，軍師修（シユウ）帶著援軍趕到，王國軍只好撤退。畫面會轉(zhuǎn)到盧卡（ルカ）的營帳內(nèi)，由于進攻主角根據(jù)地失敗，王國軍將領(lǐng)索倫·基（ソロン?ジー）被處決；同時一旁的喬伊（ジヨゥイ）會自告奮勇帶領(lǐng)5000士兵進攻格林希爾（グリンヒル）市。來到市政廳市長辦公室，談話過后，幾名同伴加入。在城門附近，選1有翼人少年也會加入。

接下來可以到各地爭取更多同伴加入。在雷克崴斯特街（レイクウエストの街）宿屋遇到過希格斯（ヒックス）和坦伽爾（テンガア-ル）后，來到南方的考布魯特村（コボルトの村），看見他倆說要尋找傳說中的獨角獸。來到上方村長的房間，談話后在此休息一晚。第二天，坦伽爾（テンガア-ル）病了，村長說她是中了詛咒，需要分別到南窗市道具屋取得藍石，主角等人取得后回到這里，村長又說去風(fēng)之洞窟找到紅花，拿到手后返回，村長又說還需要到托利瓦（トウ-リバ-）市的下水道取得綠玲。一番周折后，第3次回到考布魯特村（コボルトの村），坦伽爾（テンガア-ル）卻已經(jīng)不見了，村長說，她應(yīng)該在獨角獸森林。進入村子上方的獨角獸森林，在最深處會找到坦伽爾（テンガア-ル），村長等人也來了，原來之前一切都是坦伽爾（テンガア-ル）的計劃，她只是在裝病，只不過想考驗一下希格斯（ヒックス）的勇氣。這時獨角獸突然出現(xiàn)，村長等人都被嚇跑，而希格斯（ヒックス）留了下來保護坦伽爾（テンガア-ル），接著獨角獸又神秘消失?；氐酱彘L房間，交談后，坦伽爾（テンガア-ル）希格斯（ヒックス）加入隊伍。

把一切目前能收到的同伴都找到，回到根據(jù)地二樓廣場，修（シユウ）說，格林希爾（グリンヒル）市已被王國軍占領(lǐng)，為營救其市長，讓弗利克（フリック），主角帶上幾個學(xué)生樣子的同伴前去調(diào)查。一切準備好后，進入格林希爾（グリンヒル）市。主角等人假扮成大學(xué)新生，弗利克（フリック）則作為監(jiān)護人騙過了守衛(wèi)。在街上會看到一個叫尼娜（ニナ）的女孩被王國軍士兵欺負，弗利克（フリック）主角等人趕走了士兵。進入上方的學(xué)員，與接待處的艾美莉亞（エミリア）談話后，她會帶著眾人參觀學(xué)院，其間會看到市長保鏢辛（シン），并得知市長已經(jīng)失蹤。出了學(xué)院，會遇到尼娜（ニナ），她對弗利克（フリック）很有興趣，強行拉著他四處逛去了。來到左方的學(xué)院宿舍報道，主角會被安排到二樓休息。夜晚的時候，尼娜（ニナ）會對那那米（ナナミ）說些莫名其妙的話，看來是誤以為那那米（ナナミ）對弗利克（フリック）也有意思了。早上出宿舍，弗利克（フリック）告訴主角辛（シン）很可疑，要調(diào)查一下新。在宿屋旁邊會看見隊長勞伍德（ラウド）在調(diào)查市長的下落，這時辛（シン）出現(xiàn)趕走了勞伍德（ラウド）。主角等人跟著新進入學(xué)院，但之后辛（シン）就沒了蹤影。主角只好回宿舍休息，尼娜（ニナ）又會出現(xiàn)并嚇那那米（ナナミ）說這里有幽靈。早上再次進入學(xué)院，在接待處左側(cè)又看見尼娜（ニナ），她會問弗利克（フリック）哪里去了，并讓那那米（ナナミ）不要打弗利克（フリック）的主意。在市中心，看到菲?。ē榨ぅ磨隶?）被村民圍攻，弗利克（フリック）上前解救了他。菲?。ē榨ぅ磨隶?）對市長失蹤也一無所知，弗利克（フリック）說再去學(xué)院調(diào)查一下，但前往學(xué)院又會碰到尼娜（ニナ），一見到她，弗利克（フリック）就飛也似的逃走了。晚飯后，尼娜（ニナ）照例出現(xiàn)教訓(xùn)那那米（ナナミ）一頓。午夜時候，那那米（ナナミ）說聽見怪聲，于是幾個人四處調(diào)查，看到一個黑影，在地窖里調(diào)查沒有打開的燈，就會開啟一扇門，穿過密道會發(fā)現(xiàn)來到了學(xué)院內(nèi)，繼續(xù)追著黑影跑，發(fā)現(xiàn)黑影竟是弗利克（フリック），原來他正在跟蹤辛（シン），調(diào)查左方雕像，又一道暗門會打開。進入山路，在深處找到市長，她原來一直躲在這里，交談后了解一些情況，此時她還不愿意跟著主角等人走，主角就回到宿舍休息。第二天在市中心，隊長勞伍德（ラウド）正在懸賞緝拿市長，主角和那那米（ナナミ）還看到了成為王國軍將領(lǐng)的喬伊（ジヨゥイ）。比莉卡（ビリカ）此時很激動走了過去，那那米（ナナミ）連忙把她拉了回來，由于身份已經(jīng)暴露，主角只好奔向?qū)W院的密道。來到市長的藏身處，除了市長，辛（シン），還會看到尼娜（ニナ），原來尼娜（ニナ）也一直在幫助市長。幾個人回到學(xué)校，又碰到勞伍德（ラウド）隊長。幾場戰(zhàn)斗后，尼娜（ニナ）帶來一大批村民嚇走了勞伍德（ラウド）。最后市長終于答應(yīng)跟我們到根據(jù)地去，眾人從學(xué)院密道離開格林希爾（グリンヒル）市。山路中，會遇到喬伊（ジヨゥイ），他說戰(zhàn)爭才剛剛開始希望主角和那那米（ナナミ）離開同盟軍，之后讓主角自由離開了。接著看到隊長勞伍德（ラウド）趕了上來，問喬伊（ジヨゥイ）為何放走主角，喬伊（ジヨゥイ）卻說沒看到任何人。于是勞伍德（ラウド）威脅說要告訴盧卡（ルカ），這時王國軍的兩將領(lǐng)也說沒看到任何人，勞伍德（ラウド）只好離開。原來不僅僅是喬伊（ジヨゥイ），這兩位將領(lǐng)也不贊成盧卡（ルカ）的行為，寧愿為喬伊（ジヨゥイ）效力。