（Sigma，譯為西格瑪、釋瑪）在將太空殖民地“歐拉西亞”引下地球并墜落。 X 與Zero一同力戰(zhàn)∑，最后Zero和∑互相向?qū)Ψ椒懦鲋旅粨?。大難不死的 X 手持好友的Zero劍，繼續(xù)守護(hù)地球的和平和幫助進(jìn)行復(fù)興計(jì)劃。災(zāi)難過后，地上的環(huán)境變得荒蕪，人類亦轉(zhuǎn)到地下居住，由思考型機(jī)器人和重工型機(jī)器人負(fù)責(zé)重建工作。

     “歐拉西亞”墜落處旁的沙漠上，站著一位穿著白袍的思考型機(jī)器人──基特，對這太空殖民地的廣大遺跡感到好奇的同時，他發(fā)現(xiàn)了一塊與別不同旳碎片，決定把它帶回研究所分析。一星期后，基特在研究所中發(fā)現(xiàn)該碎片擁有巨大力量，并開始加以利用……

     “歐拉西亞事件” 后三個星期，休息中的 X 被艾莉亞叫醒，到“歐拉西亞”墜落處阻止一部故障的重工型機(jī)械。該巨型作業(yè)機(jī)械被打敗后發(fā)生爆炸，說時遲那時快，一個與Zero極之相似的紫色身影降臨于 X 的面前，一劍將那機(jī)械的殘骸斬至粉碎，再一言不發(fā)地離開現(xiàn)場！“Ze……Zero？！” X 與艾莉亞不敢相信剛才發(fā)生的事，但危機(jī)又再次迫近──一名自稱 High Max 的神秘思考型機(jī)器人緊隨紫色的零到場， X 不滿他中傷Zero為一惡夢（Nightmare），并且挑起戰(zhàn)斗。 High Max 的防御力太強(qiáng)，他將 X 置儲不理，亦叫 X 不要插手。

     及后不久，基特的助手艾索克發(fā)表公開演說，聲稱“惡夢”現(xiàn)象日益瀕繁，而Zero的出現(xiàn)是當(dāng)中的因由，有見及此，基特將會建立一個脫離“惡夢”的國度，并且派出八位調(diào)查員去搜集“惡夢Zero”的資料。 X 對基特的動機(jī)深感懷疑，決定闖進(jìn)調(diào)查區(qū)域去“調(diào)查這場調(diào)查”……