之后就如同開場(chǎng)動(dòng)畫里那樣，索菲亞找到了女兒，并命令主角開槍自殺。雖然再通過(guò)很多測(cè)試后索菲亞認(rèn)為變成Little Sister的經(jīng)歷對(duì)女兒沒(méi)有影響，但是主角與愛(ài)蘭諾的聯(lián)系卻是相當(dāng)緊密。由于曾經(jīng)是Little Sister的一員，愛(ài)蘭諾可以指揮其他的Little Sister,就這樣愛(ài)蘭諾找回了主角的基因樣本，并在生命艙中復(fù)活，而她這么做則是被想要與主角相見的強(qiáng)烈愿望所驅(qū)使，主角也在這種愿望的驅(qū)使下開始尋找愛(ài)蘭諾。

      綁架事件之后，索菲亞繼續(xù)自己的計(jì)劃，她打算制造一個(gè)代表忠誠(chéng)，犧牲并能被萬(wàn)眾敬仰的偶像，經(jīng)過(guò)ADAM的改造這個(gè)偶像將獲取無(wú)憂城中所有的智慧，而這個(gè)偶像的行為將被作為所有人的準(zhǔn)則，通過(guò)先期的人體試驗(yàn)和之后志愿者的考核，偶像的人選浮出水面——亞歷山大。但是索菲亞和亞歷山大對(duì)這個(gè)實(shí)驗(yàn)都沒(méi)有信心，經(jīng)過(guò)重重改造后這個(gè)人還剩下什么呢？索菲亞的答案是直覺(jué)。而亞歷山大干脆留下了毀滅自己的線索。

      改造女兒、制造偶像都需要大量的ADAM，而59年后無(wú)憂城已是廢墟，于是索菲亞開始綁架陸地上的小女孩制作Little Sister，而那些長(zhǎng)大的Little Sister則被改造成Big Sister。因?yàn)榕畠罕唤壖?，本已逃回地表的辛克萊爾再次回到了無(wú)憂城。     
     
      在辛克萊爾和愛(ài)蘭諾的指引下，主角開始了尋找愛(ài)蘭諾的過(guò)程，期間你可以遇到把愛(ài)蘭諾丟掉的保姆Grace和線人斯坦利，由于主角一路解救Little Sister而且愛(ài)蘭諾也因?yàn)橹鹘堑牡絹?lái)開始拒絕索菲亞的指示，于是索菲亞發(fā)動(dòng)城中自己的支持者來(lái)除掉主角。最后在愛(ài)蘭諾房前，索菲亞利用主角與愛(ài)蘭諾身體上的聯(lián)系，先將愛(ài)蘭諾窒息，將主角打倒。在主角被困期間，愛(ài)蘭諾利用自己與Little Sister的聯(lián)系，使主角俯身于Little Sister上，去尋找Big Sister的裝備。當(dāng)愛(ài)蘭諾穿著Big Sister的裝備將主角救出時(shí)，也徹底宣告了索菲亞夢(mèng)想的破滅。眼見自己所創(chuàng)造的一切又將回到自己所唾棄的地表，索菲亞打算將一切毀滅，先是抓住了辛克萊爾并將其改造為Big Daddy，并試圖破壞逃生用的潛艇，但是主角們?cè)谠S多Little Sister的幫助下，還是回到了海面上，而索菲亞也有了一個(gè)回到陸地的機(jī)會(huì)。

      和一代的Boss一樣，反角的動(dòng)機(jī)并不邪惡，而主角和愛(ài)蘭諾的父女之情卻是人為地設(shè)定。單純的夢(mèng)想實(shí)現(xiàn)的卻并非善良，而執(zhí)著的信念起因卻并不單純。也許就和道德虛無(wú)論者說(shuō)的那樣：人人有權(quán)爭(zhēng)輸贏，但無(wú)人有權(quán)定對(duì)錯(cuò)。

     個(gè)人感覺(jué)這代戰(zhàn)斗系統(tǒng)不太平衡，中等難度前期可能還要用槍，后期直接就是冰凍加鉆頭，身上金錢常駐800，ADAM留了一千多沒(méi)用。而且走善良路線的人估計(jì)會(huì)很多，因?yàn)槲艺娴牟粫?huì)對(duì)一個(gè)跑來(lái)跑去管我叫爸爸的小女孩下手。

結(jié)局悲劇   主角（老大爹）
最后死了