光環(huán)3：

　　光環(huán)3的故事開始在光環(huán)：起義之后，士官長進(jìn)入了地球大氣層并且墜落在東非，之后他被約翰遜和神風(fēng)烈士所找到。接著這三人率領(lǐng)著一些UNSC士兵一路殺出了叢林，到達(dá)了一個UNSC前哨站。

　　在前哨站里，米蘭達(dá)·凱斯和胡德將軍正在謀劃一個防止真相先知啟發(fā)先行者設(shè)施的計劃，而這個設(shè)施就在新蒙巴薩附近。士官長在此接到了一個命令，就是清除Voi城里面的所有星盟勢力并破壞所有星盟對空防御網(wǎng)，讓胡德將軍能使用最后的UNSC艦艇向真相先知的主艦進(jìn)攻。當(dāng)然士官長從不會讓人失望，胡德成功地使用這些艦船靠近了真相先知的主艦，但是真相先知啟動了這個先驅(qū)者設(shè)施，而這個設(shè)施其實(shí)是一個巨大的星際跳躍的傳送點(diǎn)，而星際跳躍的力場又引發(fā)了一場猛烈的沖擊。當(dāng)人類所有艦船都好不容易回復(fù)狀態(tài)的時候，真相先知的戰(zhàn)艦已經(jīng)離開了眾人的面前。此刻更麻煩的事情發(fā)生了，一個裝載洪魔的飛船墜毀在地面。此刻士官長所領(lǐng)導(dǎo)的UNSC部隊以及神風(fēng)烈士所引導(dǎo)的精英部隊只有改變計劃為毀滅所有洪魔，防止寄生的擴(kuò)散。

　　從墜毀的洪魔控制的戰(zhàn)艦上，士官長取得了一條經(jīng)過加密的柯塔娜的信息。之后根據(jù)信息的引導(dǎo)，士官長，約翰遜，神風(fēng)烈士，凱斯和少數(shù)其他部隊穿過了傳送點(diǎn)，同時343罪惡火花也加盟了他們的小隊。

　　在穿越傳送點(diǎn)以后，他們發(fā)現(xiàn)了一個巨大的先行者遺跡-the Ark(方舟)，而方舟的位置遠(yuǎn)遠(yuǎn)在銀河系的范圍之外。在這里真相先知可以啟動所有的Halo而不受Halo的影響。此刻士官長一行人只有一個選擇，就是找出方舟的中控室。幾乎在同一時刻，被洪魔控制的星盟母艦-High Charity(博愛之城)也墜毀在方舟所在星球的表面，里面的大量洪魔也開始對中控室發(fā)動總攻。不幸的是，落單的約翰遜中士被洪魔所俘虜，而真相先知聲稱需要一個人類的DNA來開啟方舟。為了救出約翰遜，米蘭達(dá)直接開動一個鵜鶘運(yùn)兵船直接撞進(jìn)方舟的中控平臺，而米蘭達(dá)在之后的戰(zhàn)斗中以一敵眾，不幸戰(zhàn)死。之后感到事態(tài)危急的真相先知強(qiáng)迫約翰遜啟動了方舟的控制系統(tǒng)。

　　在去中控室的途中，士官長一行遇見了一幫洪魔，而其中數(shù)個洪魔組合成了幾個集合體，直接向士官長述說尸腦獸的計劃和想法，也就是一起合作進(jìn)攻中控室，停止真相先知的行為。在洪魔強(qiáng)大的兵力的協(xié)助下，士官長和神風(fēng)烈士順利到達(dá)了中控平臺，停止了光環(huán)的啟動，而神風(fēng)烈士抑制不住怒火殺死了真相先知。當(dāng)真相先知死了以后，尸腦獸突然背叛士官長和神風(fēng)烈士，他們只有殺出一條血路，逃出了尸腦獸的魔掌。

　　在罪惡火花的協(xié)助下，士官長和神風(fēng)烈士了解到方舟正在重新制造一個新的Halo-Installation 04以取代之前摧毀的那個，士官長于是決定去啟動這個Halo，來消滅這個Halo范圍內(nèi)的洪魔勢力。但是問題在于，他缺少一個Index來激發(fā)Halo。士官長突然想到了柯塔娜擁有第一個被摧毀的Halo的Index的復(fù)制。之后士官長殺入博愛之城的內(nèi)部，取得了柯塔娜，并且引爆了博愛之城的反物質(zhì)引擎，摧毀了整座城市，消滅了尸腦獸的大半勢力。

　　到達(dá)新建的Halo以后，柯塔娜警告士官長，尸腦獸正在這個Halo上重建自身。士官長，神風(fēng)烈士和約翰遜中士一路殺到了該Halo的控制中心，在那里他們即將啟動Halo。在這個時候，343罪惡火花突然說因?yàn)檫@個Halo的結(jié)構(gòu)不完整，如果貿(mào)然啟動會摧毀343的自身系統(tǒng)和整個方舟。但是約翰遜不理睬罪惡火花，執(zhí)意去啟動Halo。此刻震怒的343罪惡火花殺死了約翰遜中士并聲稱無人能夠啟動“它”的光環(huán)。眾人也都受到了343的攻擊而倒地不起，最后士官長撿起了旁邊的斯巴達(dá)鐳射轟爆了343罪惡火花，啟動了Halo，并且眾人趕在Halo起爆前乘坐一艘UNSC艦艇-Forward unto Dawn(向黎明前進(jìn)號)，沖過傳送點(diǎn)，逃離了那個世界。

　　但是只有該艦艇的前半段載著神風(fēng)烈士成功到達(dá)了地球。認(rèn)為士官長和柯塔娜陣亡以后，人們?yōu)榱怂麄兒推渌谶@一場曠日持久的戰(zhàn)爭中死亡的人們建立了一座紀(jì)念碑。在憑吊儀式結(jié)束后，神風(fēng)烈士登上了自己的艦艇，回到了自己的母星。最終，精英這個外星種族也脫離了星盟的管轄。

　　同時，載著士官長和柯塔娜的戰(zhàn)艦的后半段正在一片未知宙域里面漂浮，柯塔娜丟下了一個發(fā)信器，但隨后柯塔娜意識到可能需要幾年才會有其他的人找到士官長和這條船。接著士官長進(jìn)入了冷凍睡眠狀態(tài)，并對柯塔娜說了一句話："Wake me, when you need me(當(dāng)你需要我的時候，把我叫醒)."

　　如果這個游戲以最高難度通關(guān)，游戲最后的畫面是載著士官長的軍艦后半段正在緩緩飄向一個未知星球，而該星球有顯著的人造表面。

　　《光環(huán)》三部曲劇情完結(jié)