主線故事講的是假尼爾的故事。從復(fù)制人的角度來展開的劇情。

很巧的是，假尼爾和假尤娜作為真尼爾和真尤娜的容器，他們自己并不知情。而且假尼爾愛著自己的妹妹，這種感情和真尼爾兄妹之間的感情是一樣強(qiáng)烈的。而且假尤娜也是患有重病，得了不治之癥，假尼爾很窮，每天只能出門接受各種各樣的委托掙錢給妹妹買藥。藥物只能暫緩病情和疼痛，但不能根治。

假尼爾兄妹被好心村子給收留了，就是波波拉姐和迪奧拉姐(雙胞胎姐妹)(雙胞胎的名字我是音譯過來的)。對于假尼爾兄妹來說，雙胞胎姐妹像父母一樣。這天，假尤娜問假尼爾有沒有什么有趣的事(這個故事就是關(guān)于假尼爾的故事，所以我就只打尼爾好了。真尼爾出現(xiàn)時在做區(qū)分)，尼爾告訴尤娜說波波拉告訴他如果能找到‘月之淚’的話，就能成為有錢人(月之淚是花的名字)。

第二天尤娜不見了，尼爾詢問了波波拉姐之后才知道尤娜可能是出門去石之神殿找月之淚去了。但是尤娜身體十分虛弱，而且石之神殿里都是魔物(Gestalt)，尼爾就去神殿找尤娜。

突破重重阻礙，尼爾在神殿里尼爾發(fā)現(xiàn)了尤娜。尤娜和一本書被困在魔法結(jié)界里，尼爾打破了書的結(jié)界，卻喚醒了守衛(wèi)(本關(guān)boss)。這是書飄起來開始講話了，它說它叫白之書，是被選中的存在，但是遺忘了所有的記憶。白之書決定借給尼爾自己的力量，這樣尼爾就能使用魔法(注意，尼爾是通過白之書才能使用魔法，也就是說要發(fā)動魔法必須有白之書)。尼爾管白之書叫小白，并且擊敗了守關(guān)boss，救回了尤娜。

其實尤娜想找月之淚，因為她不想成為哥哥的負(fù)擔(dān)，如果能找到的話，哥哥就能成為有錢人，自己的病也能治好，哥哥就不需要勞累。

接下來的故事就有意思了，尼爾回到村子以后，聽到了迪奧拉姐動人的歌聲。他去詢問歌詞是什么，迪奧拉姐告訴他這是從古代流傳的歌，歌詞都是古文，大概意思就是：終有一天黑之書會降臨，散布病毒。但是與之相對的白之書會用‘封印的言語’拯救世界。

這預(yù)言不全是假的，唯一編造的地方就是造成病毒的根本不是黑之書，而是紅龍尸體上的病毒。黑之書和白之書本是一對兒，被封印的言語是魔法也是記憶，政府制作兩本書是為了讓Gestalt回歸肉體的。當(dāng)白之書恢復(fù)魔法之后，記憶會覺醒，那樣兩本書的魔法合起來Gestalt真人類會強(qiáng)制進(jìn)入復(fù)制人的身體，人類就會重新復(fù)興，世界杯拯救。但是對于復(fù)制人，也就是假尼爾來講則是絕望。

然而，腦殘的假尼爾有了小白后，對這個預(yù)言深信不疑，他認(rèn)為小白如果找到了所有‘被封印的言語(魔法)’就能治好尤娜的病。于是他決定協(xié)助小白極其所有被封印的言語。波波拉姐說崖之村里有大型魔物出沒，打敗它可能會得到被封印的言語。于是尼爾就屁顛屁顛的去了。

講到這里我科普一下：

所謂的魔物其實是有兩種的，但是復(fù)制人并不知道他們的分別，將他們視為同種魔物。

這兩種魔物一個是得了白鹽病魔物化的生命。也即是1000前，紅龍病毒造成的魔物。一旦得病，沒有辦法根治，不是死就是狂暴化。假尤娜和真尤娜(未Gestalt化的時候)得的就是這種病。

還有一種魔物，就是Gestalt，也就是真人類。Gestalt本質(zhì)上和白鹽病患者是有區(qū)別的，Gestalt是靈體化的人類，不會得白鹽病。但是，如果Gestalt時間過長，會導(dǎo)致崩壞，崩壞的Gestalt也會變得相當(dāng)狂暴，會攻擊別人。可是這個崩壞是Gestalt技術(shù)不成熟導(dǎo)致的，與紅龍病毒無關(guān)。

目前，唯一能長時間Gestalt化而不會崩壞的就是真尼爾。而真尤娜就特別悲催，沒有Gestalt化的時候，患上了白鹽病。Gestalt之后就立刻開始了崩壞。所以真尼爾才會冰封她。

假尼爾來到了其他的村子，沒有發(fā)現(xiàn)大型魔物(這個魔物應(yīng)該是白鹽病患者)。在離開的時候，在一個露宿帳篷里發(fā)現(xiàn)了傳說中的月之淚，而且數(shù)量還很可觀。這時，尼爾也遇到了吧友們口口相傳，傳中的扶她女，也就是凱琳。

開始講機(jī)械山的主線，先總結(jié)一下目前的進(jìn)度。

(假)尼爾為了給妹妹看病，決定幫助小白(白之書)找到‘被封印的言語’。途中遇到一個可能藏有被封印的言語的大型魔物?？墒怯捎趯嵙Σ粷?jì)，尼爾決定要提升自己的武器裝備，于是來到了機(jī)械山，開啟了黑暗劇情的開始。

機(jī)械山有個鐵匠店，由鐵匠兄弟經(jīng)營。哥哥20歲上下，弟弟也只有10多歲。鐵匠兄弟告訴尼爾說現(xiàn)在他們已經(jīng)沒有時間經(jīng)營店了。

機(jī)械山過去是個軍事基地(機(jī)械山這個地方尼爾2肯定會涉及!)，里面有很多豐富的素材?？墒抢锩鎸嵲谔ｋU。而鐵匠兄弟兩人的父親在他們小時候就病死了。而母親最近外出采購，7天沒有回來。只剩下兄弟二人，兩人不敢進(jìn)入機(jī)械山，所以沒法經(jīng)營。尼爾決定自己去找素材帶回來，順便也可以看看能不能找到兩人的母親。

尼爾在機(jī)械山里探索了很長時間，打倒boss之后找到了素材。

尼爾在離開boss場地時發(fā)現(xiàn)了兩具尸體。一具男尸，一具女尸。

小白猜出了女尸生前就是鐵匠兄弟的母親。而且還發(fā)現(xiàn)了更令人心碎的事實。

鐵匠兄弟的母親穿著很華麗的洋服，跨著大包，還有很多錢...為什么帶著些東西來這里?

想必你已經(jīng)猜到了吧。

沒錯，女人打算拋棄鐵匠兄弟，跟男人私奔。

鐵匠弟弟相信母親一定會活下來，會有奇跡的。

然而，奇跡非但沒有發(fā)生，得知的卻是更殘酷的事實。

尼爾把女尸身上一件遺物拿走，準(zhǔn)備交給鐵匠哥哥。

回到鐵匠店，鐵匠弟弟太小，所以尼爾沒有告訴他真相。只說自己沒找到，弟弟不停的咒罵尼爾，說他是廢物。

而鐵匠哥哥安撫了一下弟弟，私下里問尼爾到底是怎么回事。

尼爾把遺物交給了哥哥，說不出話。

哥哥卻說：媽媽不是一個人死的吧。原來哥哥早就知道了事實，不過一直不敢告訴弟弟。

當(dāng)哥哥知道母親是跟自己喜歡的人死在一起，松了一口氣。哥哥感嘆母親終于不用再為兄弟倆煩惱，可以安心的走了。

哥哥決定原諒母親的一切，他認(rèn)為他們兄弟到頭來也是母親的孩子，而母親也是他們的唯一。

其實這個結(jié)局雖然虐心，不過哥哥的決定還是很治愈的。

然而更坑爹的確實官方小說...在官方小說里，機(jī)械山的情節(jié)被寫的更詳細(xì)，更黑暗。

比如說，弟弟因為找不到媽媽想要出門去，而哥哥好幾次想把弟弟鎖起來或者砍斷手腳不讓他出門。

而尼爾剛來店里的時候，兄弟倆也是窮困潦倒，什么錢都沒有，哥哥也準(zhǔn)備殺了尼爾...總之事實的真相特別殘酷。

機(jī)械山的劇情到此就告一段落了。以后還會回來的，只不過那時候劇情會更加黑暗絕望。

尼爾得到了強(qiáng)力的武器后，重新回到崖之村，去狩獵大型魔物(怎么有點怪物獵人的既視感)，找到被封印的言語。路上遇到了扶她女凱琳，兩人決定一起去狩獵。

凱琳這個扶她女也是特別有故事的，凱琳穿的很暴露，并不是因為她喜歡(變態(tài))才這樣穿的。凱琳是個半魔物，魔物的那部分想要侵蝕凱琳，而只有讓肉體暴露在陽光下才能讓侵蝕停止。凱琳從小就被村里人隔絕，受到很多殘酷的待遇，但是她自己心地很善良，還是想要保護(hù)村里人。所以就自己在村子外露營。

至于說凱琳為啥要啥那個大型魔物，貌似是因為那個大型魔物把對小時候的凱琳很好的老婆婆給殺死了。凱琳沒接觸過外人，所以為人很豪放。而且罵人很臟，游戲里凱琳罵人的時候，都臟到被各種小銀。這也算是黑暗劇情中一點小滑稽吧。

尼爾和凱琳成功的殺死了大型魔物，小白也得到了一部分被封印的言語。而凱琳因為心愿已了，想要一死了之，卻被尼爾阻止。尼爾和小白說了很感人的話，把凱琳從死亡邊緣拉了回來。而凱琳也決定跟隨尼爾。

尼爾認(rèn)為只要殺死強(qiáng)力的魔物就能得到被封印的言語。便詢問凱琳哪里有強(qiáng)力的大型魔物。

就這樣，凱琳和尼爾來到了沙漠之村。沙漠之村這里的人比較死板，他們不論做什么事都不會違背法律，而且不介意凱琳的半魔物身軀。凱琳曾經(jīng)在沙漠里救過被狼群追捕的小孩，所以根據(jù)當(dāng)?shù)胤?，凱琳其實是那里的恩人，所以當(dāng)?shù)責(zé)o人不感激凱琳。

到達(dá)沙漠之村后，尼爾遇到了薇兒，薇兒就是被凱琳救過的小孩兒。所以帶著語言不通的尼爾游覽了一下沙漠之村。沙漠之村的國王因為白鹽病死了，尼爾游覽了村子后，又傳來消息，王子獨自進(jìn)了王族特區(qū)，只有王族才能進(jìn)入的地方。所以當(dāng)?shù)厝耸芊ㄒ?guī)約束，不能進(jìn)入那個地方。而尼爾是外地人，所以不受法律制約，決定幫助vier，找回王子。

boss戰(zhàn)結(jié)束后，尼爾帶著王子回到了村子。原來王子為了拿回父王的假面，立志成為向父王一樣偉大的國王。由于尼爾拯救了王子，成為了沙漠村的恩人，可以滿足尼爾一個愿望。尼爾決定，希望村子的法規(guī)追加第0條法規(guī)：希望法規(guī)在必要的時候，不要束縛人類。

至此，沙漠之村的劇情告一段落。