接下來就是游戲前半段劇情的埃米爾事件(話說制作人好喜歡埃米爾啊)。

回到村子后，尼爾受到了妹妹尤娜的委托。

尤娜有個筆友，是個可愛的男孩子。但是卻受到疾病的困擾，所以希望尼爾和小白能治好他的病。

尼爾自然是答應(yīng)請求啊，于是出發(fā)前往男孩子的莊園。

來到莊園后，管家告訴尼爾去哪個房間找男孩兒。然而，公館本身就非常詭異，魔物四伏(都是Gestalt的崩壞體)。尼爾找到了男孩，得知男孩叫埃米爾。埃米爾眼睛上蒙著布，原因就是因為埃米爾看到的一切都會被石化，而埃米爾自己也不知道怎么控制這股力量。

埃米爾本人沒有給尤娜寫過信。其實是埃米爾的管家聽說了尼爾的名字，也知道尼爾有白之書，所以跟尤娜寫信聯(lián)系。而管家的初衷是希望尼爾能夠治好埃米爾的石化能力，并說治療方法其實就在公館里。只是因為魔物太多，一個人去會有危險(那你們還tm住這里?)。尼爾肯定是答應(yīng)了請求。

最后在公館的某一處，遇到了boss。boss是被偽造的黑之書，打倒boss以后，黑之書四散，尼爾在四散的書頁里找到了石化解除的方法。然而內(nèi)容都被暗號化了，所以需要時間來解讀。管家說自己會盡一切力量來解讀。在尼爾要離開的時候，凱琳撫摸著埃米爾的臉龐，告訴他擁有石化能力不是罪，這個能力本身沒有罪過，關(guān)鍵是埃米爾自己。之后，凱琳讓埃米爾知道她自己是半魔物，她告訴埃米爾說如果有一天她的身體...之后的話就在埃米爾耳邊呢喃(到底說了什么一會兒就知道了)。埃米爾聽了之后也是很吃驚，并跟凱琳約定，說自己絕對不會放棄(治療)，希望凱琳也不要放棄(治療)。

接下來就進入了前半段劇情的結(jié)尾了。劇情第一次迎來高潮。

目前的劇情雖然有點陰暗和悲傷，不過每段劇情大體上，結(jié)局還是很溫暖的。然而，當(dāng)前半段劇情結(jié)束后，在后半段里，尼爾還會再回到機械山，崖之村，埃米爾公館，和沙漠之村這幾個地方的。之前的劇情和人物也會有新的延續(xù)，而且，不會有任何好結(jié)局，有種急轉(zhuǎn)直下的感覺。前半段的結(jié)尾也是很虐。

解決了埃米爾事件后，尼爾回到了自己的村子。見到了尤娜。

尤娜的病情緩和了一些，尼爾也是松了一口氣。

然而，就在萬事都順利的時候，埃米爾突然跑進城來，貌似還受傷。

埃米爾告訴波波拉和尼爾，說魔物大軍要來了，要趕緊逃跑。

尼爾告訴迪奧拉和波波拉，讓城里的人先避難，并且照顧好尤娜。于是自己前往討伐魔物大軍。

在干掉了一個boss后，尼爾和小白還有凱琳和埃米爾退回到了圖書館。

之前的那個boss也追到了圖書館后，被凱琳引誘到了圖書館地下室，然后自己一個人堵住門口。

而尼爾要來幫忙的時候，一把黑色的魔法劍刺穿了尼爾的肩膀。

一個黑色的長翅膀的紅眼人(魔王)出現(xiàn)在尼爾身后。而魔王的身邊就是一本黑之書!

由于實力相差懸殊，尼爾打不過魔王。魔王走到了圖書館前面，抱起了一個人。

那個人就是尤娜!

而與此同時，小白也被黑之書困住。黑之書告訴白之書，當(dāng)黑與白碰撞之時，世界的魔物會得到解放。

小白也恢復(fù)了一部分記憶，就在小白要履行自己的任務(wù)的時候，聽到了尼爾和凱琳的呼喚，決定要保護尼爾和尤娜，不去跟黑之書碰撞。

小白重新振作后，與尼爾合作開始，尼爾順便戰(zhàn)斗力爆表，開始攻擊魔王。

然而，被魔王秒速打成重傷(尷尬)，胸口被刺穿。

而魔王則抱著尤娜飛走了。黑之書也放話：就算現(xiàn)在白之書不愿意跟我碰撞，遲早也會改變看法的。

魔王走了以后，凱琳告訴尼爾我們已經(jīng)慘敗了，而自己已經(jīng)沒有力氣辦法堵住地下室的大門。尼爾估計也失去了戰(zhàn)斗的意志。

凱琳請求埃米爾，把自己石化，這樣就能永遠(yuǎn)的封印住地下室的魔物。(這段bgm和劇情特別感人，如果能youtube看到也是很不錯的)

埃米爾雖然滿不情愿，但是為了大局還是摘下了眼罩，把凱琳和大門一同石化。

尼爾大喊道：尤娜...凱琳....我一定....

就這樣前半段劇情結(jié)束了

其實細(xì)心的人應(yīng)該發(fā)現(xiàn)了。

魔王就是真尼爾!

之前講到過，真尼爾過了1000年發(fā)現(xiàn)不管再過多長真尤娜也不會復(fù)活。于是他決定要自己實現(xiàn)目標(biāo)。

所以他統(tǒng)領(lǐng)著其他的Gestalt攻進了假尼爾的城鎮(zhèn)，擄走假尤娜，給真尤娜當(dāng)做復(fù)活用的容器。

然而，此時的假尼爾還是一臉懵逼。啥也不懂的情況。

尼爾1代的劇情分兩部分，前半部分講的是尼爾少年時期的故事。而后半部分講的是魔王擄走假尤娜5年之后的事了。也就是尼爾青年時期的故事，前面劇情的所有鋪墊都將在后半段有所爆發(fā)。