對(duì)戰(zhàn)模式分成單機(jī)對(duì)戰(zhàn)(skirmish)與連線對(duì)戰(zhàn)(Xbox live)兩種，含AI最多共4名玩家。規(guī)則設(shè)定非常自由，可設(shè)定1對(duì)1、2對(duì)2、甚至1對(duì)多，每個(gè)電腦AI都可設(shè)定難度等級(jí)與陣營，還可設(shè)定禁止快攻。

　　《最高指揮官2》的對(duì)戰(zhàn)類型(type)有三種，分別是assassination(刺殺)、supermacy(終結(jié)戰(zhàn))與infinite war(無限戰(zhàn))：assassination顧名思義是要將對(duì)方的ACU(戰(zhàn)斗指揮單位)摧毀， supermacy是將敵人所有部隊(duì)與建筑全部鏟除為止，infinite war則可單獨(dú)一個(gè)陣營或設(shè)定AI一起玩，就算AI被滅游戲仍不會(huì)結(jié)束，適合鉆研各項(xiàng)研發(fā)路線與熟悉兵器的特性。

　　透過infinite war(無限戰(zhàn))以熟悉科技發(fā)展路線與兵器特性。我軍(Cybran)的實(shí)驗(yàn)兵器大都有曲面圓滑的外表，和Cybran的國徽?qǐng)D樣互相輝映。飛碟能像電影ID4一樣向下發(fā)射巨大能量光束，右上方的爪型兵器張開后能吸入附近的敵方部隊(duì)，適合定點(diǎn)防御。

　　和玩家線上合作對(duì)抗2名電腦對(duì)手。任務(wù)模式是刺殺，只要敵軍的ACU(戰(zhàn)斗指揮單位)被擊毀就算勝利。合作模式較不傷感情，也挺適合龜在家研發(fā)高級(jí)科技或重炮。

　　透過衛(wèi)星視點(diǎn)了解戰(zhàn)情發(fā)展。左上與左下是我方同盟陣營，一起對(duì)付右方的電腦AI，可見到左下方有許多炮彈不斷射向敵營。

　　原來友軍使用大量的炮陣來對(duì)付敵軍，所有資源都投注在巨炮也是一種戰(zhàn)略，因?yàn)閁EF能發(fā)展科技使所有建筑都具備防空能力，每座建物都兼具防空與對(duì)地攻擊。