《樹(shù)?！返墓适聲r(shí)間點(diǎn)發(fā)生在亞特魯18歲的時(shí)候，故事算是接續(xù)在兩部《伊蘇》初作之后。因?yàn)楣テ屏恕斑_(dá)姆之塔”、解放了被隔絕的“艾斯塔里亞大陸”，冒險(xiǎn)家“紅發(fā)亞特魯”在這時(shí)也已經(jīng)開(kāi)始有些名氣，而為了找到治療《伊蘇2》重要女性角色“莉莉亞”的“塞爾塞塔之花”，亞特魯與伙伴多奇來(lái)到了本作故事的舞臺(tái)“塞爾塞塔”。塞爾塞塔地方在故事中是“羅姆帝國(guó)”的一部分…有玩《伊蘇7》的朋友對(duì)這個(gè)名字或許有點(diǎn)印象，因?yàn)椤兑撂K7》的舞臺(tái)“阿爾塔戈公國(guó)”正是長(zhǎng)期處于與羅姆帝國(guó)的交戰(zhàn)狀態(tài)。

　　目的的花被找到后，多奇就先回到艾斯塔里亞去治療莉莉亞了，這就是為何本作中這位亞特魯?shù)幕锇榘嗟追炊鴽](méi)有出場(chǎng)。

　　羅姆帝國(guó)派駐塞爾塞塔地區(qū)的總督格莉潔爾。

　　在《樹(shù)?！返膭∏橹袑⒄麄€(gè)系列做了更深刻的串連，《伊蘇7》時(shí)阿爾塔戈公國(guó)能與羅姆帝國(guó)在軍事力量上平衡，是因?yàn)椤褒堯T士團(tuán)”擁有強(qiáng)大的艦隊(duì)，這支“艦隊(duì)”之所以出現(xiàn)在阿爾塔戈的理由，也在《樹(shù)?！饭适轮羞M(jìn)行了交待。 (《伊蘇7》在阿爾塔戈公國(guó)冒險(xiǎn)故事上是5年后，亞特魯23歲。)

　　《樹(shù)?！返墓适虏捎昧祟?lèi)似倒敘的手法，故事一開(kāi)始慣例多災(zāi)多難的主角“亞特魯.克里斯汀”，這次也慣例的倒下被撿回家…但是和過(guò)去總是被美少女撿走相較，這次卻是被個(gè)大男人撿走。原本前往樹(shù)海中探險(xiǎn)的亞特魯，不知道遭遇了什么，在城鎮(zhèn)中倒下而且失去記憶，此時(shí)與本作的第一個(gè)伙伴“德蘭”相遇同行。

　　之后以為羅姆帝國(guó)制作樹(shù)海的地圖為契機(jī)，兩人再次進(jìn)入了樹(shù)海之中，一點(diǎn)點(diǎn)發(fā)現(xiàn)亞特魯在失去記憶前的冒險(xiǎn)中所留下的痕跡，亞特魯也漸漸找回自己的記憶。