安置好蘋果的艾吉奧與達芬奇和馬基亞維利一起從那不勒斯港前往西班牙追蹤切薩雷，雖然追蹤的過程中達芬奇由于思鄉(xiāng)癥發(fā)作選擇先行回到意大利，而馬基亞維利則在與切薩雷的戰(zhàn)斗中受了嚴重的槍傷而無奈只能留下休養(yǎng)，但獨自一人上路的艾吉奧最終還是在瓦雅拉(Viana)找到了他的敵人，這時切薩雷正帶領(lǐng)著他內(nèi)兄約翰三世(John III of Navarre)的部隊圍攻這個城市，在被烈焰包圍的戰(zhàn)場中，艾吉奧一直追蹤著切薩雷，并在城堡與之展開了最后的決戰(zhàn)。最終，艾吉奧用勝利證明無論多么不可一世的人，亦難逃自己的宿命。(以上來自《刺客信條 兄弟會》的游戲故事)

　　追了六年之后，艾吉奧終于有機會手刃殺死自己伯父的人

　　隨著一切的結(jié)束，艾吉奧開始把精力放在其他方面的事上，他穩(wěn)固了刺客在意大利的勢力，提升了從西西里島到威尼斯的溝通方式，并把訓(xùn)練刺客學徒的方式標準化。在1509年，當艾吉奧閱讀他伯父留下的文檔和信息之時，艾吉奧發(fā)現(xiàn)了一封他父親在自己出生前寫的信，信中，他父親提及一個隱藏在邁斯亞夫的秘密藏書室，出于對阿泰爾的敬仰，艾吉奧在1510年前往邁斯亞夫并尋找此藏書室。

　　漂洋過海，最終到達奧斯曼帝國

　　在離開羅馬十個月之后，艾吉奧終于在1511年中到達了邁斯亞夫，但在那里，他遭到了來自拜占庭的圣殿騎士守備軍的埋伏，雖然全力抵抗，但估計是上了歲數(shù)了，艾吉奧最終還是被騎士團所捉。不過正當騎士團準備吊死他的時候，機敏的艾吉奧瞬間攻擊騎士隊長萊安德羅斯(Leandros)并捉住機會讓自己逃出騎士團魔掌。繼續(xù)潛入城堡的艾吉奧找到了隱藏的藏書室，在詢問被圣殿騎士劫持的作業(yè)工人之后，艾吉奧得知騎士團手上有尼可羅?波羅的日記，里邊記錄了藏書室鑰匙的位置，而這時他們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了其中一個鑰匙被藏于位于君士坦丁堡的土耳其皇帝宮殿里邊。

　　在尼可羅?波羅日記的指引下，艾吉奧前往君士坦丁堡(Constantinople)并希望走在圣殿騎士前面獲得其他鑰匙。在這里，他遇到了當?shù)氐拇炭褪最I(lǐng)優(yōu)素福?塔齊姆(Yusuf Tazim)，并快速地與之建立了友誼，而時間證明了這段友誼對于艾吉奧的搜索來說絕對是無價的。在幫助優(yōu)素福從兇狠的拜占庭人的攻擊中拯救了加拉塔地區(qū)之后，艾吉奧把他的目光放回此行的主要目的：鑰匙。在土耳其制圖師皮里?李斯(Piri Reis)的幫助下，他找到了以前尼可羅?波羅(Sofia Sartor)所用的商?！F(xiàn)在屬于一個美麗的威尼斯移民索非亞所擁有并變成書店。艾吉奧在書店后邊的地下宮殿找到了另外一個鑰匙，而這里邊還有一個加密的地圖，在索非亞的幫助下，艾吉奧通過這個地圖找到了其他古書的位置，而這些古書可以帶領(lǐng)他找到其他鑰匙。

　　艾吉奧最終遇到自己的一生的最愛：索菲亞

　　在收集完四把鑰匙之后，艾吉奧得知這最后一個鑰匙落在圣殿騎士的手上。艾吉奧花了大量時間在市內(nèi)尋找圣殿騎士的線索，而這途中一起綁架年少皇子的事件令他與土耳其皇室家庭扯上了關(guān)系。在從拜占庭人的襲擊中拯救了年輕的蘇里曼王子(Prince Suleiman)之后，王子委托艾吉奧去調(diào)查究竟是誰在背后指揮這件事的。

　　在經(jīng)過一系列調(diào)查和碰壁之后，他們的調(diào)查終于有了進展并找到了曼努埃爾(Manuel Palaiologos)，他不但是拜占庭王國最后一任國王君士坦丁十一世的侄子，同時也是這個王國的下任繼承者。所有線索都證明他與騎士團有緊密的聯(lián)系，在遭遇一系列阻撓之后，艾吉奧成功跟蹤曼努埃爾到卡帕多細亞并殺掉了他，從他身上找到最后一個鑰匙的艾吉奧以為事情算是告一段落，但麻煩還沒完結(jié)，艾吉奧發(fā)現(xiàn)這背后還有個更大的陰謀——當蘇里曼的叔叔，土耳其國王的下任繼承人阿罕默特(Ahmet)出現(xiàn)在艾吉奧面前并告訴他其實自己也是一個圣殿騎士……

　　為了取得所有的鑰匙以打開藏書室，阿罕默特殺死了受艾吉奧支托前來保護索非亞的優(yōu)素福，并捉住了索非亞以其性命要挾艾吉奧，出離憤怒的艾吉奧召集所有的兄弟會刺客并用他們的實際行動來告訴那些狂妄的人：永遠不要以為自己可以從刺客頭上安全地踏過去。雖然這次阿罕默特的計劃非常精密，但艾吉奧卻更勝一籌，運用非凡的技巧，艾吉奧最終不但拯救了索非亞并且奪回了所有的鑰匙，而這時阿罕默特的兄弟，蘇里曼王子的父親塞利姆(Selim I)出現(xiàn)在二人面前，塞利姆告訴他大哥，自己已經(jīng)取代他成為了新的皇位繼承人。驚慌失措的阿罕默特還沒來得及反應(yīng)，就被自己的兄弟推下了懸崖。由于自己兒子的美言，塞利姆決定放過艾吉奧，但也命令將他逐出自己的王國，當然這時的艾吉奧已經(jīng)沒興趣再在此事上糾纏下去了。

　　轉(zhuǎn)眼間，已經(jīng)是1512年春天了，帶著鑰匙的艾吉奧再次踏足邁斯亞夫，不過和上一次不一樣的是，這次索非亞陪伴在他身邊。艾吉奧最終開啟了藏書室，但那里卻空空如也，有的只有安靜地坐在中間，過了那么多年，依然在那等待著后人的阿泰爾的尸體，調(diào)查阿泰爾手上最后一個鑰匙之后，艾吉奧找到了阿泰爾三百年前所擁有的蘋果。但這次，艾吉奧并沒有去拿這個蘋果，對于他來說，他已經(jīng)看夠了這一切，是時候應(yīng)該放手了。望著這閃爍著光芒的蘋果，深深明白自己使命的艾吉奧與那個叫戴斯蒙德的人超越時空的對話，也許正如他自己所言：

　　“我這一生都只不過是個一個傳聲筒而已……”

　　(以上來自《刺客信條 啟示錄》的游戲故事)

　　艾吉奧與索菲亞一起回到了邁斯亞夫的藏書室