在里邊，戴斯蒙德再次看到了幻覺，這次出現(xiàn)在他眼前的是年老的艾吉奧，看來他在逃離這里以后還曾回過這個大宅。而他也找到了一系列迷之密碼——1419，1420，1421——顯然這是艾吉奧留下的，因?yàn)檫@些數(shù)字只能通過鷹眼看到。戴斯蒙德把這些數(shù)字告訴伙伴們，肖恩認(rèn)為這應(yīng)該是代表著日期，然而，他也承認(rèn)這或許需要更多的研究才能再做定論。隨著他們重新設(shè)立好所有的設(shè)備，戴斯蒙德再次進(jìn)入了Animus。

　　這次進(jìn)入Animus的目的是搜索艾吉奧所留下的蘋果的具體位置，但因?yàn)闆]辦法直接讀取目標(biāo)位置，所以只能從戴斯蒙德最后一次進(jìn)入的記憶節(jié)點(diǎn)開始繼續(xù)開始艾吉奧的記憶。在艾吉奧遇到Minerva后，蘋果被切薩雷奪取，為奪回蘋果并削弱切薩雷，艾吉奧解放了羅馬。在這過程中，戴斯蒙德在羅馬城發(fā)現(xiàn)了更多實(shí)驗(yàn)體十六號留下的代碼，當(dāng)把所有的代碼全部收集并運(yùn)行之后，戴斯蒙德被傳送到一個陌生的空間，在那里，他遇到了鬼魂?duì)顟B(tài)的實(shí)驗(yàn)體十六號——看來實(shí)驗(yàn)體十六號的部分精神還是殘留在Animus中。實(shí)驗(yàn)體十六號在消失前暗示戴斯蒙德他要去找一個叫夏娃的女性，他消失后整個空間因此崩潰而戴斯蒙德也因此醒來。

　　戴斯蒙德在一個陌生空間遇到了殘留在Animus中實(shí)驗(yàn)體十六號

　　最終，戴斯蒙德得知艾吉奧把蘋果放置于羅馬斗獸場下的神殿，四個刺客立即前往羅馬并準(zhǔn)備回收蘋果。他們分開行動，已經(jīng)學(xué)會大量刺客技能的戴斯蒙德從斗獸場的殘骸里尋找入口，其他人則在外邊守候。隨著戴斯蒙德的深入，他看到了一個人形幻象，幻象自稱Juno，她和Minerva一樣是“先行者”，她再次提到了Minerva在西斯廷教堂所說的那些關(guān)于大災(zāi)難的警告，還有關(guān)于這個地庫的作用——儲藏知識。很快地，戴斯蒙德找到了一條長長的通道并進(jìn)入天壇圣母堂(Santa Maria Aracoeli)，而這教堂在傳說中正是修建在Juno神殿之上。他把入口打開并讓另外三人進(jìn)入，這時(shí)戴斯蒙德再次看到了艾吉奧的幻覺，跟隨著他祖先的軌跡，他啟動了教堂地面的高科技電梯。在同步自己的DNA后，戴斯蒙德激活了電梯，并進(jìn)入教堂深處，他們發(fā)現(xiàn)了一個巨大廣闊的地下室。戴斯蒙德從艾吉奧在蒙特里久尼大宅那留下的三組數(shù)字推理出了大門的密碼“72”并將其打開。最終，刺客到達(dá)中心區(qū)域并找到了蘋果。但意想不到的悲劇發(fā)生了，當(dāng)戴斯蒙德拿到蘋果的瞬間，他的基因就被蘋果所激活，知道未來一切的Juno為了防止騎士團(tuán)的詭計(jì)，通過蘋果控制了戴斯蒙德的行動并殺死已經(jīng)暗地里投奔騎士團(tuán)的露西，而不明真相的戴斯蒙德只能眼睜睜地看著自己親手把袖劍插進(jìn)露西……(以上來自《刺客信條 兄弟會》的游戲故事)

　　順著艾吉奧的記憶，刺客們找到了他所藏的第六蘋果

　　被蘋果激活DNA的戴斯蒙德殺死了露西，這也成了他最困擾的事情

　　在露西的死所造成的巨大沖擊和Animus對他精神造成的傷害的雙重沖擊之下，戴斯蒙德崩潰并陷入了昏迷。他被兩個刺客所救，而其中一個正是戴斯蒙德的父親兼新任兄弟會首領(lǐng)：威廉?邁爾斯。在秘密地點(diǎn)，威廉把戴斯蒙德放回Animus并相信這是唯一能救活自己兒子的方法，他下令麗貝卡把戴斯蒙德送到“暗室”(Black Room)——一個Animus的安全模式，也可以稱之為Animus島。在這里邊，戴斯蒙德遇到了本應(yīng)死亡的實(shí)驗(yàn)體十六號，看來他的精神已經(jīng)被更深層的Animus所吸收，當(dāng)然，這也是肉身已死的他僅能出現(xiàn)的唯一方式。在他的幫助下，戴斯蒙德體驗(yàn)了額外的一部分艾吉奧的的記憶，并在那里嘗試去修復(fù)他已經(jīng)破碎的記憶。在他不省人事的時(shí)候，威廉向麗貝卡和肖恩解釋了一部分關(guān)于戴斯蒙德的事，由于基因里含有高濃度的第一文明的DNA，戴斯蒙德顯得比其他刺客更為珍貴，諷刺的是，兄弟會沒人意識到這一點(diǎn)直到Abstergo公司把他捉住，這種特殊性也令戴斯蒙德可以激活蘋果——就如他的祖先們一樣。

　　戴斯蒙德在”暗室“遇到已經(jīng)被Animus內(nèi)部吸收的實(shí)驗(yàn)體十六號