當艾吉奧途徑亞平寧山脈去威尼斯的時候，他巧遇到自己因為得到貴族資助而準備把整個工作室搬到威尼斯的老朋友達芬奇。路上他們受到了羅德里戈軍隊的阻擊，不過他們還是順利到達了佛利(Forlì)，他們希望從佛利港坐船直接到他們的目的地威尼斯，可是在那里艾吉奧得知需要通行證才能上船。正當他一籌莫展的時候。艾吉奧在近港水中一塊巖石上巧遇了遇險的佛利統(tǒng)治者之妻卡泰麗娜?斯福爾扎(Caterina Sforza)，英雄救美后，為了答謝艾吉奧，卡泰麗娜給他乘船特許，而他們也因此順利地前往威尼斯。

　　到達了威尼斯的艾吉奧繼續(xù)追蹤著埃米利奧，為此他找來了另一個本地盜賊安東尼奧?德?馬吉亞尼斯(Antonio de Magianis)，在他和他學徒羅莎(Rosa)的幫助下，四年后的1485年，艾吉奧成功刺殺威尼斯一霸埃米利奧并解放了商業(yè)區(qū)。但與此同時，他發(fā)現(xiàn)了另外一個陰謀，圣殿騎士卡洛?格里馬爾迪(Carlo Grimaldi)，他是威尼斯議會的成員之一，他想利用其身份靠近并毒殺威尼斯的總督，如果此計劃成功，另一個圣殿騎士馬可?巴爾巴里戈(Marco Barbarigo)即可取代他的位置成為新的總督。利用達芬奇發(fā)明的飛行器，艾吉奧成功越過地面的層層障礙飛達總督府，但一切為時已晚，雖然艾吉奧還是殺死了格里馬爾迪，但他也因此被污蔑成刺殺總督的罪犯，成了整個威尼斯的通緝犯，無奈的艾吉奧只能暫時逃離威尼斯……

　　從達芬奇那獲得了飛行器的艾吉奧成功闖進進了威尼斯總督府

　　躲了一年之后，艾吉奧在狂歡節(jié)期間回到了威尼斯，已經(jīng)被全城通緝的他利用狂歡節(jié)的傳統(tǒng)，用面具暫時掩人耳目繼續(xù)行動，這次他與安東尼奧和本地妓女首領(lǐng)泰奧多拉(Teodora Contanto)一起尋找刺殺新任總督馬可的機會。通過贏下一系列的比賽，艾吉奧獲得了參加總督私人派對的資格，并在那里用達芬奇制造的袖槍殺死了馬可。至此，威尼斯僅剩下兩個同謀：西爾維奧?巴爾巴里戈(Silvio Barbarigo)和但丁?莫羅(Dante Moro)，深知自己已會成為刺客下一個目標的二人為了躲避暗殺一起躲進了威尼斯的兵工廠并找了一隊傭兵保護自己，不過在傭兵隊長巴爾托洛梅奧?德?阿爾維阿諾(Bartolomeo d'Alviano)的幫助之下，艾吉奧沖破了防守并殺死了他們倆。在西爾維奧臨死前，他道出了其實刺殺總督計劃只不過是為了轉(zhuǎn)移刺客的視線，其真正目的就是讓其他圣殿騎士有機會前往塞浦路斯執(zhí)行一個神秘的行動。

　　兩年之后，正當艾吉奧度過他28歲生日那天，羅莎告知他圣殿騎士的船從塞浦路斯帶回了一個神秘貨物。喬裝成其中一個護衛(wèi)，艾吉奧通過追蹤包裹，最終在此遇到了羅德里戈，而且艾吉奧還得知了這次的貨物的真面目：伊甸的蘋果，根據(jù)阿泰爾手抄本的預(yù)言，此正是與 “先知”溝通的重要道具。因父親和兄弟被殺而走上刺客之路的艾吉奧等了十年，終于有與殺父仇人羅德里戈展開戰(zhàn)斗的機會。羅德里戈當然不會是身經(jīng)百戰(zhàn)的刺客的對手，艾吉奧輕易擊敗了羅德里戈，但他呼喚出城市的守衛(wèi)來圍攻艾吉奧，就在這關(guān)鍵時刻，馬里奧，安東尼奧，帕烏拉，泰奧多拉，拉?沃爾佩和巴爾托洛梅奧一起出現(xiàn)并保護了艾吉奧和蘋果的安全，而他們也揭開他們的真實身份：刺客兄弟會成員。最終在眾人和尼可羅?馬基亞維利(Niccolò Machiavelli)的見證下，艾吉奧結(jié)束了十年非正式刺客的生涯，正式成為了兄弟會的一員。

　　之前一直幫助著艾吉奧的眾人其實就是刺客兄弟會的成員

　　儀式完結(jié)不久，馬基亞維利帶著艾吉奧回到佛利城，并希望把伊甸的蘋果藏匿于此以便他們的盟友卡泰麗娜?斯福爾扎對其進行保護，但當二人到達那里，發(fā)現(xiàn)整個佛利城正遭受凱科(Checco Orsi)和盧多維科?奧爾西(Ludovico Orsi)兄弟所帶領(lǐng)軍隊的攻擊，正當艾吉奧和馬基亞維利與軍隊對抗的時候，有機可乘的凱科成功偷取了蘋果，逼迫艾吉奧只能去追他，雖然最終艾吉奧還是捉住并殺死了凱科，但凱科在臨死前他也刺中了艾吉奧下腹，嚴重受傷的艾吉奧由于傷勢而暈倒，而蘋果也從他手中滑落，這時一個缺少一根手指的僧侶出現(xiàn)并在他面前奪走了蘋果……

　　艾吉奧傷愈之后不久，西班牙兄弟會分支的其中一個刺客路易斯?德?圣安杰爾(Luis de Santángel)找到艾吉奧并希望他能幫忙，本來對這個要求完全沒興趣的艾吉奧聽到羅德里戈也牽連于此事之中，立刻改變主意的他同意了他的要求并去保護哥倫布(Christoffa Corombo)，避免他橫越大西洋的航行被圣殿騎士的間諜所終止。與此同時路易斯告訴艾吉奧，羅德里戈操縱了當?shù)貦z察官如托馬斯?德?托克馬達(Tomás de Torquemada)將軍并以此逮捕了部分西班牙當?shù)卮炭?。為此，艾吉奧前往西班牙，拯救了數(shù)個刺客并最后確保了哥倫布的艦隊成功開始了探索新大陸之旅。(以上來自NDS與Iphone版《刺客信條 發(fā)現(xiàn)》的故事內(nèi)容)

　　在西班牙的一段故事，最終成功幫助哥倫布揚帆出海

　　處理完事情的艾吉奧返回意大利繼續(xù)追尋著那個斷指的僧侶吉羅拉莫?薩沃納羅拉(Girolamo Savonarola)和伊甸的蘋果。1497年，他回到了他的故鄉(xiāng)佛羅倫薩，在那里他發(fā)現(xiàn)洛倫佐已經(jīng)被薩沃納羅拉殺死，而后者更是取代了前者的位置，開始用蘋果操縱著民眾，而艾吉奧的前戀人克里斯蒂娜和他丈夫他也被薩沃納羅拉所操縱的暴民給謀殺。在馬基亞維利的幫助下，艾吉奧開始了解放薩沃納羅拉所控制的佛羅倫薩的計劃。刺殺了薩沃納羅拉的副官，然后把蘋果從他身邊奪回來。脫離了蘋果的控制人民立刻調(diào)轉(zhuǎn)槍頭攻擊這該死的僧侶并準備用火活活把他燒死，但艾吉奧認為沒人應(yīng)死于此痛苦，因此他在烈焰碰觸前給了薩沃納羅拉一絲仁慈并親手送他上路……

　　因為順利奪回蘋果，刺客們再次在蒙特里久尼碰頭。隨著逐一把所有阿泰爾手抄本的碎片收集完成，刺客們用手抄本的碎頁拼出了一個世界地圖并順利地通過蘋果中找到了一個位置在羅馬西斯廷教堂(Cappella Sistina)下的秘密地下室(Vatican Vault)。不幸的是，羅德里戈已經(jīng)提前一步知道這件事，而此時他更是已經(jīng)成為了教宗阿歷山大六世。1499年，刺客們襲擊羅馬，而艾吉奧則單騎闖入西斯廷教堂獨自面對羅德里戈。最終決戰(zhàn)開始，羅德里戈用同為伊甸的碎片的教宗十字攻擊艾吉奧，而他則用蘋果的力量放出自己的分身予以還擊，經(jīng)過一番纏斗之后艾吉奧在地下室的**戰(zhàn)勝了羅德里戈，但獲勝的艾吉奧并沒有殺死羅德里戈，因為這時的他知道就算殺了羅德里戈，他家人也沒辦法復(fù)生。艾吉奧把教宗十字與伊甸的蘋果拼在一起并順利打開了地下室的隱藏通道，在這里邊，他看到一個自稱Minerva的先行者，她通過艾吉奧告訴一個叫戴斯蒙德(Desmond Miles)的人：人類在不久的未來將會面臨重大的災(zāi)難……(以上來自《刺客信條 2》的游戲故事)

　　拿起手中的蘋果，向自己的老敵人羅德里戈發(fā)起挑戰(zhàn)