戴斯蒙德被露西帶到了位于一個倉庫的刺客藏匿處，在這里他遇到了另外兩個刺客：歷史學(xué)家肖恩?黑斯廷斯(Shaun Hastings)和技術(shù)專家麗貝卡?克瑞恩(Rebecca Crane)，他們倆之前一直和露西一起合作，而后者更帶來了Animus 2.0，一個刺客版本的Animus裝置。這一小群刺客準(zhǔn)備讓戴斯蒙德繼續(xù)體驗他先祖艾吉奧的記憶并通過出血效應(yīng)的副作用，讓戴斯蒙德在幾天內(nèi)學(xué)習(xí)所有刺客技巧。想起了圣殿騎士之前在他身上的所作所為，戴斯蒙德毫不猶豫就答應(yīng)再次進(jìn)入Animus——不同與上一次，這次，他是自愿進(jìn)入的。

　　刺客藏匿點的Animus 2.0

　　僅僅數(shù)個小時內(nèi)，戴斯蒙德不但看到了艾吉奧父親死于圣殿騎士之手和艾吉奧之后的復(fù)仇，正式進(jìn)入兄弟會和與圣殿騎士首領(lǐng)羅德里戈?博吉亞之間爭奪伊甸蘋果的戰(zhàn)斗。而為了防止戴斯蒙德步實驗體十六號的后塵，露西把他拉出了Animus裝置。正當(dāng)他準(zhǔn)備去休息的時候，戴斯蒙德突然看到幻覺，他感覺自己好像回到了中世紀(jì)阿卡，阿泰爾追著瑪麗亞，他們在樓頂相遇，并行了成人之事，有了孩子……

　　和所有的實驗體一樣，戴斯蒙德出現(xiàn)了幻覺

　　從幻覺中醒來的戴斯蒙德再次進(jìn)入Animus裝置，借著體驗艾吉奧的記憶，刺客們在代碼里邊發(fā)現(xiàn)了一系列不規(guī)則圖案。這正是實驗體十六號所留下的Animus資料核心，這些資料隨著露西的手進(jìn)入Animus 2.0里，當(dāng)戴斯蒙德追蹤其中一個不規(guī)則圖案并對其加以調(diào)查，他找到了一段關(guān)于刺客和圣殿騎士歷史的神秘信息碎片，當(dāng)戴斯蒙德收集全所有不規(guī)則圖案之后，完整的信息片段向他們展示了一段陌生的記憶，在這段記憶中，一對男女手握蘋果從未來風(fēng)格的建筑中狂奔，而這段記憶的所標(biāo)注的日期竟然比耶穌的誕生還要早得多……

　　而這之后，當(dāng)刺客們目睹艾吉奧把伊甸的蘋果帶進(jìn)西斯廷教堂地底的神秘地下室后，接下來發(fā)生的事情令他們都震驚了。這里艾吉奧看到一個全息影像，影像里邊的女性自稱為Minerva，身為“先行者”之一的她描述了一些關(guān)于人類和古代種族“先行者”之間戰(zhàn)爭的事情，還有接下來的大災(zāi)難，之后Minerva不再是跟艾吉奧對話，而是通過艾吉奧與他的后裔戴斯蒙德直接對話，Minerva告訴戴斯蒙德，除非他采取行動，否則災(zāi)難將再次降臨大地……

　　剛剛才聽完Minerva所說的話，戴斯蒙德就被另外三個刺客匆忙地拉回了現(xiàn)實。顯然正當(dāng)刺客們埋頭苦干的時候，騎士團(tuán)也沒閑著，他們找到了隱藏在藏匿點的刺客們，并在維迪克的指揮下對藏匿點進(jìn)行進(jìn)攻，這時露西把刺客的傳統(tǒng)武器袖劍扔到戴斯蒙德手上，并要他為撤離爭取時間。利用從Animus中學(xué)會的戰(zhàn)斗技巧，戴斯蒙德和露西輕松地干掉了所有的警衛(wèi)，眼看不利的維迪克丟下一句狠話然后狼狽撤退……

　　“你們的勝利只是暫時的!”

　　(以上來自《刺客信條2》的游戲故事)

　　由于被維迪克博士發(fā)現(xiàn)據(jù)點，眾人被迫轉(zhuǎn)移至蒙特里久尼

　　盡管擊退了維迪克率領(lǐng)的騎士團(tuán)警衛(wèi)，但暴露了藏匿點的刺客們?yōu)榱税踩?，選擇繼續(xù)逃亡。他們一行來到了奧迪托雷家族位于蒙特里久尼的祖?zhèn)鞔笳@也是兄弟會在意大利的最后一個安全屋。盡管切薩雷在1500年的襲擊痕跡至今依然清晰可見，但整個小鎮(zhèn)和大宅卻猶如昨日重現(xiàn)，一點也沒有改變。為了躲開圣殿騎士的電話追蹤系統(tǒng)，刺客們決定把基地設(shè)立于大宅地底的避難所，但無奈入口被封鎖。正當(dāng)四人無計可施的時候，戴斯蒙德再次看到幻覺，這次他看到艾吉奧昔日進(jìn)入避難所的路線，緊隨其后，露西和戴斯蒙德找到五百年前艾吉奧和市民用于逃生的通道并順利進(jìn)入避難所。

　　戴斯蒙德跟隨著艾吉奧曾經(jīng)的移動軌跡，找到了大宅的隱藏入口