玩家在非戰(zhàn)斗的狀態(tài)下，還可以對(duì)戰(zhàn)陣設(shè)置進(jìn)行組合調(diào)整，每種戰(zhàn)陣對(duì)每個(gè)人物所增添的效果各有不同，而每個(gè)人物在同一個(gè)戰(zhàn)陣內(nèi)也有不同的戰(zhàn)斗模式可以調(diào)整，如：防御、主攻等，玩家可根據(jù)自身需求進(jìn)行設(shè)置。

　　本作中依然有軒轅劍戰(zhàn)斗中的特色：收妖。不僅可以在戰(zhàn)斗中將妖物收取后煉化成為實(shí)用材料，還可以煉制成為更加強(qiáng)大的妖怪，在戰(zhàn)斗中作為護(hù)駕使用。但是，收妖時(shí)需要停止戰(zhàn)斗動(dòng)作才可以進(jìn)行，對(duì)于玩家在戰(zhàn)斗中的速度與體驗(yàn)也有著一定影響。而在本作中，這種需要暫停戰(zhàn)斗動(dòng)作才能進(jìn)行的收妖操作得到了改變。玩家可在戰(zhàn)斗中召喚出阿奇前來(lái)收妖，而阿奇的收妖動(dòng)作與玩家的戰(zhàn)斗操作相互獨(dú)立且互不干涉，并不影響戰(zhàn)斗的進(jìn)行。

　　同時(shí)，在以往《軒轅劍》游戲中，玩家在戰(zhàn)斗中成功使用收妖系統(tǒng)收服的敵人，皆可以在戰(zhàn)斗前設(shè)置為護(hù)駕，并出現(xiàn)在下一場(chǎng)戰(zhàn)斗中。但是部分頭目級(jí)別的強(qiáng)力敵人，要么非常難以收服，要么則是無(wú)法被收服使用。而在本次游戲中，因戰(zhàn)斗方式的變化，護(hù)駕系統(tǒng)也相應(yīng)做了改變與提升。玩家只要成功達(dá)成特殊任務(wù)的挑戰(zhàn)，便可讓這些頭目級(jí)的怪物化身為個(gè)人護(hù)駕。游戲設(shè)置中，玩家可按照個(gè)人喜好分配設(shè)置6位護(hù)駕欄的歸屬，而在戰(zhàn)場(chǎng)上則最多可同時(shí)存在2位護(hù)駕。每當(dāng)有護(hù)駕被擊退時(shí)，剩余的護(hù)駕便會(huì)依照先前設(shè)置的順序遞補(bǔ)上場(chǎng)。不僅如此，本次游戲中，護(hù)駕能夠使用各種技能攻擊敵人、為隊(duì)伍提供各種輔助及恢復(fù)等，讓玩家更輕松的進(jìn)行戰(zhàn)斗。

　　在游戲中的四個(gè)主要角色，每位角色還具有獨(dú)有的天賦，當(dāng)玩家操控并發(fā)動(dòng)角色獨(dú)有天賦時(shí)，除了對(duì)戰(zhàn)斗有直接性的影響外，如：降低敵方血量、給予敵方減益狀態(tài)、獲得特殊秘寶等。還會(huì)觸發(fā)特殊的驚喜狀況，如：快速閃避、不讓敵人發(fā)現(xiàn)等。

　　本次的煉化機(jī)制回歸也系列早期設(shè)定，玩家能夠更加便捷更加明確地通過(guò)煉化規(guī)則來(lái)嘗試煉制新的產(chǎn)物。本作煉化必須采用兩只戰(zhàn)斗中收化成功的靈物來(lái)進(jìn)行，煉化后的靈物各項(xiàng)能力數(shù)值和戰(zhàn)場(chǎng)表現(xiàn)優(yōu)于直接收化成功的靈物。特別需要注意的是，靈物之外的道具則無(wú)法應(yīng)用于煉化中。